DBSeqRecord无法在BioPython下使用BioSQL访问注释和功能

Question

在Ubuntu 12.10上运行Python 2.7，最新的BioPython和BioSQL。

我已经成功建立了基于MySQL的BioSQL服务器，并且我可以正确地将序列加载到系统中（或者它们看起来是正确的 - 在MySQL中正确填充表并且事情通常没有错误）。

但是，当我通过'lookup'检索时，我只能访问DBSeqRecords的ID，名称和描述。应该根据需求调用注释和功能，但这会使事情崩溃。例如：

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/SeqRecord.py", line 595, in __str__ 
    lines.append("Number of features: %i" % len(self.features)) 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.7/BioSQL/BioSeq.py", line 516, in __get_features 
    self._primary_id) 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.7/BioSQL/BioSeq.py", line 280, in _retrieve_features 
    feature.location = SeqFeature.FeatureLocation(start, end) 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/SeqFeature.py", line 561, in __init__ 
    raise TypeError(start) 
TypeError: 0 

任何想法这里发生了什么？

Answer 1

本周我遇到了同样的错误。

一个要素的开始和结束位置是从MySQL获取的，类型为long（不是int），但SeqFeature.py在实例化FeatureLocation时仅为开始和结束使用int。我不知道在MySQL服务器，MySQLdb，BioSeqDatabase或SeqFeature中发生了什么变化，以引发问题。

的biopython开发商希望一会能提供一个长期的解决方案，但这些都是暂时的修正建议：

• 试图去通过BioSeqDatabase使用MySQLdb的连接，并改变与转换行为它的连接功能的conv关键字参数（我还没有做到这一点）

• hack BioSeqDatabase，以便在从MySQL获取值（我没有这样做）之后，start_pos和end_pos被转换为int，

• 对SeqFeature.py进行破解以允许在实例化FeatureLocation对象时使用长类型来开始和结束（这是我所做的）。更改此：

  if isinstance(start, AbstractPosition): 
      self._start = start 
  elif isinstance(start, int): 
      self._start = ExactPosition(start) 
  else: 
      raise TypeError(start) 
  if isinstance(end, AbstractPosition): 
      self._end = end 
  elif isinstance(end, int): 
      self._end = ExactPosition(end) 
  else: 
      raise TypeError(end) 
  

  这样：

  if isinstance(start, AbstractPosition): 
      self._start = start 
  elif isinstance(start, int) or isinstance(start, long): 
      self._start = ExactPosition(start) 
  else: 
      raise TypeError(start) 
  if isinstance(end, AbstractPosition): 
      self._end = end 
  elif isinstance(end, int) or isinstance(end, long): 
      self._end = ExactPosition(end) 
  else: 
      raise TypeError(end)