在rpy2中绘制R函数曲线

Question

我想在rpy2中绘制一条简单的曲线。

curve((x)) R的行为与预期的一样，但我无法在rpy2中实现。

当我发出的顺序如下命令：

import rpy2.robjects as ro 
R = ro.r 
R.curve(R.x) 

我得到AttributeError: 'R' object has no attribute 'x' ...

如何访问x为蟒蛇内矢量化功能的错误？ （我可以发出ro.r('curve((x))')，它按预期工作，但我需要能够将参数从python传递到曲线函数）。

更一般地，我怎么在rpy2绘制函数曲线阿拉这个帖子：plotting function curve in R

编辑1

一些背景：

我试图绘制的曲线反逻辑：

invlogit = function(x){ + exp(x)/(1 + exp(x)) } 

线性函数：

invlogit(coef(mod1)[1] + coef(mod1)[2]*x 

其中coef（mod1）是我运行的GLM的系数。

在R，我能做到以下几点：

plot(outcome~survrate, data = d, ylab = "P(outcome = 1 | 
survrate)", xlab = "SURVRATE: Probability of Survival after 5 
Years", xaxp = c(0, 95, 19)) 

curve(invlogit(coef(mod1)[1] + coef(mod1)[2]*x), add = TRUE) 

我得到预期的S形曲线。

我蟒蛇/ rpy2，我得到我的模型和系数：

formula = 'outcome~survrate' 
mod1 = R.glm(formula=R(formula), data=r_analytical_set, family=R('binomial(link="logit")')) 
s = R.summary(mod1) 
print(mod1) 
print(R.summary(mod1)) 

设置的情节

formula = Formula('outcome~survrate') 
formula.getenvironment()['outcome'] = data.rx2('outcome') 
formula.getenvironment()['survrate'] = data.rx2('survrate') 
R.plot(formula, data=data, ylab = 'P(outcome = 1 | outcome)', xlab = 'SURVRATE: Probability of Survival after 5 
Years", xaxp = c(0, 95, 19)) 

到目前为止好...

然后，我让我的系数来自型号：

a = R.coef(mod1)[0] 
b = R.coef(mod1)[1] 

然后试图通过传递这些参数来运行曲线的功能，都无济于事，想这样的构造如

R.curve(invlogit(a + b*R.x)) 

我已经试过许多人太除此之外，所有这一切都是尴尬怪异。首先，天真的问题：如果curve（）中的term（x）是最后一个环境表达式的特殊R指定，我假设我应该能够通过python/rpy2以某种方式访问​​它。

我知道它在曲线函数中的表示是101个元素的ListVector。我并没有遵循它的意思，但它“是用于最后环境表达的特殊R指定”。有人可以详细说明吗？如果这是R中的一个对象，我是否应该无法通过至少低级别的接口访问它？

或者，我实际上是否必须创建x作为python函数来将我的x，y元组表示为两个列表，然后将它们转换为ListVector以便在该函数中使用以绘制其曲线。

第二：我不能在python中构造我的函数invlogit(a + b*x)并将它传递给R的曲线函数进行评估吗？

我使用STAP库读取它，从R文件抓取invlogit：from rpy2.robjects.packages import STAP。

第三：我是否在复杂的事情？我的目标是在我尝试在python/rpy2中做一个新的分析之前，重新创建一个我以前在R中使用python/rpy2来完成所有特性的分析。

Answer 1

只需传入实际的函数，调用或表达式，如sin，因为x未在Python中分配。以下使用curve的R文档中的示例：curve(sin, -2*pi, 2*pi)。此外，因为你输出的图形使用grDevices（内置R中包）保存图像文件：

import rpy2.robjects as ro 
from rpy2.robjects.packages import importr 

grdevices = importr('grDevices') 

grdevices.png(file="Rpy2Curve.png", width=512, height=512) 
p = ro.r('curve(sin, -2*pi, 2*pi)')  
grdevices.dev_off() 

或者，您也可以定义(x)就像你的链接显示：

grdevices.png(file="Rpy2Curve.png", width=512, height=512) 
ro.r('''eq <- function(x) {x*x}''') 
p = ro.r('curve(eq,1,1000)')   # OUTPUTS TO FILE 
grdevices.dev_off() 

p = ro.r('curve(eq,1,1000)')   # OUTPUTS TO SCREEN 

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UPDATE

具体业务方案的问题，绘制与Python的变量逆分对数曲线，一个和b，从模型系数得出，认为它们串联到robjects.r()字符串参数：

import rpy2.robjects as ro 
ro.r('invlogit <- function(x){ + exp(x)/(1 + exp(x)) }') 

p = ro.r('curve(invlogit({0} + {1}*x), add = TRUE)'.format(a,b))