如何在R中绘制具有多个分类变量的平行坐标

Question

我在使用GGally软件包中的ggparcoord绘制平行坐标绘图时遇到困难。由于存在两个分类变量，我想在可视化中显示的内容如下图所示。我发现在ggparcoord，groupColumn只允许单个变量来组（颜色），当然我可以使用showPoints标记轴上的值，但我也需要改变形状这些标记根据分类变量。有没有其他的软件包可以帮助我实现我的想法？

任何回应将不胜感激！谢谢！

Answer 1

这并不难推出自己的平行坐标GGPLOT2情节，这将让您灵活定制的美观。以下是使用内置的diamonds数据框的图示。

要获得平行坐标，您需要添加一个ID列，以便识别数据框的每一行，我们将在ggplot中将其用作group审美。您还需要scale这些数字值，以便在我们绘制它们时它们都处于相同的垂直比例。然后，您需要在x轴上采用所需的所有列，并将它们重新塑形为“长”格式。我们通过tidyverse/dplyr管道运营商在飞行中完成所有这些工作。

即使在限制类别组合的数量之后，这些线条可能过于交织在一起，因此此图很容易解释，因此请考虑这仅仅是“概念验证”。希望你可以创建一些对你的数据更有用的东西。我已在下面使用colour（用于线条）和fill（用于点）美学。根据您的需要，您可以使用shape或linetype。

library(tidyverse) 
theme_set(theme_classic()) 

# Get 20 random rows from the diamonds data frame after limiting 
# to two levels each of cut and color 
set.seed(2) 
ds = diamonds %>% 
    filter(color %in% c("D","J"), cut %in% c("Good", "Premium")) %>% 
    sample_n(20) 

ggplot(ds %>% 
     mutate(ID = 1:n()) %>%    # Add ID for each row 
     mutate_if(is.numeric, scale) %>% # Scale numeric columns 
     gather(key, value, c(1,5:10)),  # Reshape to "long" format 
     aes(key, value, group=ID, colour=color, fill=cut)) + 
    geom_line() + 
    geom_point(size=2, shape=21, colour="grey50") + 
    scale_fill_manual(values=c("black","white")) 

我以前没有使用过ggparcoords，但似乎简单（至少在我的第一次尝试的功能）的唯一的选择是两列数据粘贴到一起。下面是一个例子。即使只有四个类别的组合，剧情混乱，但也许如果在你的数据浓厚的图案上它会解释：

library(GGally) 

ds$group = with(ds, paste(cut, color, sep="-")) 

ggparcoord(ds, columns=c(1, 5:10), groupColumn=11) + 
    theme(panel.grid.major.x=element_line(colour="grey70"))