如何设置R_LIBS_SITE或如何共享包站点？

这是this question的一个有点泛化的版本。我该如何设置R_LIBS_SITE？在最新的R 3.3.1中，我无法在CentOS 7.2和openSUSE 42.1上获得适当的值。如何设置R_LIBS_SITE或如何共享包站点？

在CentOS 7.2（Linux的x86_64的）与来自EPEL R I得到：

R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair" 
... 
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit) 
... 
> .libPaths() 
[1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library" 
> .Library 
[1] "/usr/lib64/R/library" 
> .Library.site 
[1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library" 
> R.home(component = "home") 
[1] "/usr/lib64/R"

但是，各Renviron包括以下内容：

$ grep R_LIBS_SITE /usr/lib64/R/etc/Renviron 
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/local/lib/R/library:/usr/lib64/R/library:/usr/share/R/library'}

显然，该设置不正确时施加我开始R.然而，例如在同一个文件中的R_LIBS_USER中的变化被应用。此外，R_LIBS_SITE没有完全被忽略，因为它设置为

R_LIBS_SITE='/usr/local/lib/R/site-library'

产生

> .Library.site 
character(0)

我看不出R_LIBS_SITE可以在其他地方覆盖。我得到中的R相同的行为，当我与

R --no-environ --no-site-file --no-init-file

启动它我可以重现与openSUSE的一个类似的行为。

或者还有另一种建议的方式来设置所有用户共享的包站点？

来源

2016-09-25 sebschub

问题的一种可能的解释是，某些目录不存在。不存在的目录将从列表中静静地移除。所以，如果你设置

R_LIBS_SITE='/usr/local/lib/R/site-library'

和目录不存在，.Library.site将是一个空字符串（如在你的例子）。根据示例中的输出结果，如果目录/usr/local/lib/R/site-library和/usr/local/lib/R/library不存在，它们将从Renviron文件的R_LIBS_SITE列表中以无提示的方式被删除（同样在输出中）。

来源

2016-09-29 09:13:40

如何设置R_LIBS_SITE或如何共享包站点？

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