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我想使用snakemake制作一个生物信息学流水线,并使用Google搜索它并阅读文档和其他内容,但是我仍然不知道如何使它工作。Snakemake规则
这是我的一些原始数据文件。
RAWDATA/010_0_bua_1.fq.gz,RAWDATA/010_0_bua_2.fq.gz
RAWDATA/11_15_ap_1.fq.gz,RAWDATA/11_15_ap_2.fq.gz
...他们都是配对的文件。)
这里是我的align.snakemake
from os.path import join
STAR_INDEX = "/app/ref/ensembl/human/idx/"
SAMPLE_DIR = "Rawdata"
SAMPLES, = glob_wildcards(SAMPLE_DIR + "/{sample}_1.fq.gz")
R1 = '{sample}_1.fq.gz'
R2 = '{sample}_2.fq.gz'
rule alignment:
input:
r1 = join(SAMPLE_DIR, R1),
r2 = join(SAMPLE_DIR, R2),
params:
STAR_INDEX = STAR_INDEX
output:
"Align/{sample}.bam"
message:
"--- mapping STAR---"
shell:"""
mkdir -p Align/{wildcards.sample}
STAR --genomeDir {params.STAR_INDEX} --readFilesCommand zcat --readFilesIn {input.r1} {input.r2} --outFileNamePrefix Align/{wildcards.sample}/log
"""
这是它。我通过“snakemake -np -s align.snakemake”运行这个文件,我得到了这个错误。
WorkflowError: 目标规则可能不包含通配符。请指定具体文件或没有通配符的规则。
对不起,我问这个问题,虽然有很多人使用它很好。任何帮助将真正appriciated。对不起我的英语不好。
P.S.我阅读官方文档和教程,但仍然不知道。