2017-08-24 106 views
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当我尝试加载新库时,在R中出现此错误。达到最大数量的DLL

Installation failed: unable to load shared object 'C:/R/R-3.4.0/library/curl/libs/x64/curl.dll': 
    `maximal number of DLLs reached... 

这与curl无关,它可能是任何库。我sessionInfo看起来象下面这样:

R version 3.4.0 (2017-04-21) 
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1 

Matrix products: default 

locale: 
[1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252 
[3] LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252 
[4] LC_NUMERIC=C       
[5] LC_TIME=English_United Kingdom.1252  

attached base packages: 
[1] parallel stats  graphics grDevices utils  datasets 
[7] methods base  

other attached packages: 
[1] M3Drop_1.2.0  numDeriv_2016.8-1 bindrcpp_0.2  
[4] Seurat_2.0.1  Matrix_1.2-11  cowplot_0.8.0  
[7] scater_1.4.0  Biobase_2.36.2  BiocGenerics_0.22.0 
[10] tidyr_0.6.3   dplyr_0.7.2   ggplot2_2.2.1  
[13] extrafont_0.17  

loaded via a namespace (and not attached): 
    [1] shinydashboard_0.6.1  R.utils_2.5.0    
    [3] lme4_1.1-13    RSQLite_2.0    
    [5] AnnotationDbi_1.38.2  htmlwidgets_0.9   
    [7] grid_3.4.0     trimcluster_0.1-2   
    [9] ranger_0.8.0    BiocParallel_1.10.1  
[11] Rtsne_0.13     devtools_1.13.3   
[13] munsell_0.4.3    codetools_0.2-15   
[15] ica_1.0-1     captioner_2.2.3   
[17] statmod_1.4.30    withr_2.0.0    
[19] colorspace_1.3-2   knitr_1.16     
[21] stats4_3.4.0    ROCR_1.0-7     
[23] robustbase_0.92-7   dtw_1.18-1     
[25] Rttf2pt1_1.3.4    NMF_0.20.6     
[27] labeling_0.3    lars_1.2     
[29] tximport_1.4.0    bbmle_1.0.19    
[31] GenomeInfoDbData_0.99.0 mnormt_1.5-5    
[33] bit64_0.9-7    rhdf5_2.20.0    
[35] diptest_0.75-7    R6_2.2.2     
[37] doParallel_1.0.10   GenomeInfoDb_1.12.2  
[39] ggbeeswarm_0.6.0   VGAM_1.0-4     
[41] locfit_1.5-9.1    flexmix_2.3-14    
[43] bitops_1.0-6    DelayedArray_0.2.7   
[45] assertthat_0.2.0   SDMTools_1.1-221   
[47] scales_0.4.1    nnet_7.3-12    
[49] ggjoy_0.3.0    beeswarm_0.2.3    
[51] gtable_0.2.0    rlang_0.1.2    
[53] MatrixModels_0.4-1   genefilter_1.58.1   
[55] scatterplot3d_0.3-40  splines_3.4.0    
[57] extrafontdb_1.0   lazyeval_0.2.0    
[59] ModelMetrics_1.1.0   acepack_1.4.1    
[61] checkmate_1.8.3   reshape2_1.4.2    
[63] backports_1.1.0   httpuv_1.3.5    
[65] Hmisc_4.0-3    caret_6.0-76    
[67] tools_3.4.0    gridBase_0.4-7    
[69] gplots_3.0.1    RColorBrewer_1.1-2   
[71] proxy_0.4-17    Rcpp_0.12.12    
[73] plyr_1.8.4     base64enc_0.1-3   
[75] zlibbioc_1.22.0   purrr_0.2.3    
[77] RCurl_1.95-4.8    rpart_4.1-11    
[79] pbapply_1.3-3    viridis_0.4.0    
[81] S4Vectors_0.14.3   SummarizedExperiment_1.6.3 
[83] cluster_2.0.6    magrittr_1.5    
[85] data.table_1.10.4   SparseM_1.77    
[87] mvtnorm_1.0-6    matrixStats_0.52.2   
[89] mime_0.5     xtable_1.8-2    
[91] pbkrtest_0.4-7    XML_3.98-1.9    
[93] mclust_5.3     IRanges_2.10.2    
[95] gridExtra_2.2.1   compiler_3.4.0    
[97] biomaRt_2.32.1    tibble_1.3.3    
[99] KernSmooth_2.23-15   minqa_1.2.4    
[101] R.oo_1.21.0    htmltools_0.3.6   
[103] segmented_0.5-2.1   mgcv_1.8-18    
[105] Formula_1.2-2    geneplotter_1.54.0   
[107] tclust_1.2-7    DBI_0.7     
[109] diffusionMap_1.1-0   MASS_7.3-47    
[111] fpc_2.1-10     car_2.1-5     
[113] R.methodsS3_1.7.1   gdata_2.18.0    
[115] bindr_0.1     igraph_1.1.2    
[117] GenomicRanges_1.28.4  pkgconfig_2.0.1   
[119] sn_1.5-0     registry_0.3    
[121] foreign_0.8-69    foreach_1.4.3    
[123] annotate_1.54.0   vipor_0.4.5    
[125] rngtools_1.2.4    pkgmaker_0.22    
[127] XVector_0.16.0    stringr_1.2.0    
[129] digest_0.6.12    tsne_0.1-3     
[131] htmlTable_1.9    edgeR_3.18.1    
[133] kernlab_0.9-25    shiny_1.0.4    
[135] gtools_3.5.0    quantreg_5.33    
[137] modeltools_0.2-21   rjson_0.2.15    
[139] nloptr_1.0.4    nlme_3.1-131    
[141] viridisLite_0.2.0   limma_3.32.5    
[143] lattice_0.20-35   httr_1.3.0     
[145] DEoptimR_1.0-8    survival_2.41-3   
[147] glue_1.1.1     FNN_1.1     
[149] prabclus_2.2-6    iterators_1.0.8   
[151] bit_1.1-12     class_7.3-14    
[153] stringi_1.1.5    mixtools_1.1.0    
[155] blob_1.1.0     DESeq2_1.16.1    
[157] latticeExtra_0.6-28  caTools_1.17.1    
[159] memoise_1.1.0    irlba_2.2.1    
[161] ape_4.1  

我在窗口,我试图Sys.setenv(R_MAX_NUM_DLLS=500),从this question,但它似乎并没有做任何事情。我试图将其添加到Rprofile.site文件并重新启动R,但我仍然遇到错误。卸载库或不加载如此多的库等不是一个解决方案。我看到一个选项,可以将R_MAX_NUM_DLLS=500添加到.Renviron文件中,但我不确定是否Windows有这个选项。

我想知道是否有人有任何见解。

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你真的需要加载174个软件包吗? – Roland

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我只使用'library()'加载5个包左右。其他一切都是依赖关系或其他。 – rmf

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是的,我明白了。几乎所有你附加的东西都有一个很大的依赖关系树。 – Roland

回答

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尝试在系统属性中添加新的环境变量。 enter image description here

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系统环境变量R_MAX_NUM_DLLS非常早在R启动过程中的几个变量之一,必须前设置或太晚设定为.Rprofile。但是,您可以将其设置在~/.Renviron,那么它应该包含一个行:

R_MAX_NUM_DLLS=500 

这适用于所有平台/操作系统,包括Windows。 Windows上棘手的部分是找出文件应该放在哪里。算出这个最简单的方法是调用:

> normalizePath("~/.Renviron", mustWork = FALSE) 
[1] "/home/alice/.Renviron" 

在Windows上,你可以看到:

> normalizePath("~/.Renviron", mustWork = FALSE) 
[1] "C:\\Users\\alice\\Documents\\.Renviron" 

注意如何~/C:\\Users\\alice\\Documents\\,而不是C:\\Users\\alice\\如人们所预料的,如果一个来自Unix环境。

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Windows甚至支持以点开头的文件名吗?它意味着一个没有名字并且只有一个扩展名的文件。 – rmf

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是的,并且注意到R在R平台上做出了很大的努力,使各种平台的工作尽可能地相似,以便我们不必告诉用户在一个系统上不会以一种方式告诉用户,而是以另一种方式告诉用户 - 这就是R的优势之一(有一些例外) – HenrikB