有什么方法可以从对象中清除R环境？

Question

我知道我可以使用ls（）和rm（）来查看和删除我的环境中存在的对象。

但是，在处理“旧”.RData文件时，有时需要选择一个环境作为找到要保留的内容以及省略的内容。

我想要做的是让GUI看起来像接口，让我看到对象，对它们进行排序（例如按大小排序），然后删除我不需要的对象（例如，通过复选框界面）。因为我认为这样的系统目前没有在R中实现，所以存在哪些方式？你用什么来清理旧的.RData文件？

感谢，

塔尔

Answer 1

您可能想查看RGtk2包。 您可以使用Glade Interface Designer轻松创建界面，然后将所需的任何R命令添加到它。

如果您想要一个很好的起点来“窃取”关于如何使用RGtk2的想法，请安装rattle程序包并运行rattle();。然后看源代码，并开始制作你自己的界面:)

我可能会去看看它，看看我能不能做出简单的事情。

编辑：这是一个快速和脏的代码，你可以玩。最大的问题在于，无论什么原因，rm指令都没有得到执行，但我不知道为什么......我知道它是中央指令，但至少该接口起作用！ ：d

TODO：

• 让rm工作
• 我把所有的变量在remObjEnv环境。它不应该在当前变量中列出，并且当窗口关闭时应该被删除
• 该列表将只显示全局环境中的对象，其他环境内的任何内容都不会显示，但这很容易实现
• 可能还有一些其它的错误我都没有想到的：d

享受

# Our environment 
remObjEnv <<- new.env() 

# Various required libraries 
require("RGtk2") 

remObjEnv$createModel <- function() 
    { 
    # create the array of data and fill it in 
    remObjEnv$objList <- NULL 
    objs <- objects(globalenv()) 

    for (o in objs) 
     remObjEnv$objList[[length(remObjEnv$objList)+1]] <- list(object = o, 
      type = typeof(get(o)), 
      size = object.size(get(o))) 

    # create list store 
    model <- gtkListStoreNew("gchararray", "gchararray", "gint") 

    # add items 
    for (i in 1:length(remObjEnv$objList)) 
     { 
     iter <- model$append()$iter 

     model$set(iter, 
       0, remObjEnv$objList[[i]]$object, 
       1, remObjEnv$objList[[i]]$type, 
       2, remObjEnv$objList[[i]]$size) 
     } 

    return(model) 
    } 

remObjEnv$addColumns <- function(treeview) 
    { 
    colNames <- c("Name", "Type", "Size (bytes)") 

    model <- treeview$getModel() 

    for (n in 1:length(colNames)) 
     { 
     renderer <- gtkCellRendererTextNew() 
     renderer$setData("column", n-1) 
     treeview$insertColumnWithAttributes(-1, colNames[n], renderer, text=n-1) 
     } 
    } 

# Builds the list. 
# I seem to have some problems in correctly build treeviews from glade files 
# so we'll just do it by hand :) 
remObjEnv$buildTreeView <- function() 
    { 
    # create model 
    model <- remObjEnv$createModel() 
    # create tree view 
    remObjEnv$treeview <- gtkTreeViewNewWithModel(model) 

    remObjEnv$treeview$setRulesHint(TRUE) 
    remObjEnv$treeview$getSelection()$setMode("single") 

    remObjEnv$addColumns(remObjEnv$treeview) 
    remObjEnv$vbox$packStart(remObjEnv$treeview, TRUE, TRUE, 0) 
    } 

remObjEnv$delObj <- function(widget, treeview) 
    { 
    model <- treeview$getModel() 
    selection <- treeview$getSelection() 
    selected <- selection$getSelected() 
    if (selected[[1]]) 
     { 
     iter <- selected$iter 
     path <- model$getPath(iter) 
      i <- path$getIndices()[[1]] 
      model$remove(iter) 
     } 

    obj <- as.character(remObjEnv$objList[[i+1]]$object) 
    rm(obj) 
    } 

# The list of the current objects 
remObjEnv$objList <- NULL 

# Create the GUI. 
remObjEnv$window <- gtkWindowNew("toplevel", show = FALSE) 
gtkWindowSetTitle(remObjEnv$window, "R Object Remover") 
gtkWindowSetDefaultSize(remObjEnv$window, 500, 300) 
remObjEnv$vbox <- gtkVBoxNew(FALSE, 5) 
remObjEnv$window$add(remObjEnv$vbox) 

# Build the treeview 
remObjEnv$buildTreeView() 

remObjEnv$button <- gtkButtonNewWithLabel("Delete selected object") 
gSignalConnect(remObjEnv$button, "clicked", remObjEnv$delObj, remObjEnv$treeview) 
remObjEnv$vbox$packStart(remObjEnv$button, TRUE, TRUE, 0) 

remObjEnv$window$showAll() 

Answer 2

OS X的图形用户界面确实有这样的事情，这就是所谓的工作区浏览器。非常方便。我也希望有一个界面显示对象之间的会话依赖关系，也就是说，如果我从plot（）开始并向后查找所有用来创建对象的对象。这需要解析历史记录。

Answer 3

我从来没有创建.RData文件。如果您正在从事可重复的研究（并且您应该！），您应该能够从R文件获取输入数据文件到所有输出。

当您需要很长时间的操作时，缓存它们才有意义。如果经常使用结构，如：

if (file.exists("cache.rdata")) { 
    load("cache.rdata") 
} else { 
    # do stuff ... 
    save(..., file = "cache.rdata") 
} 

这允许你从缓存文件迅速开展工作，当你需要从头开始重新计算你可以删除你的工作目录中的所有文件RDATA。

Answer 4

基本的解决方案是加载数据，删除不需要的内容并保存为新的干净数据。

---

另一种方式来处理这种情况是通过加载它自己的环境

sandbox <- new.env() 
load("some_old.RData", sandbox) 

现在你可以看到里面是什么

ls(sandbox) 
sapply(ls(sandbox), function(x) object.size(get(x,sandbox))) 

然后你有几个posibilities控制加载RDATA ：

• 写什么要新RDATA：save(A, B, file="clean.RData", envir=sandbox)
• 删除不从环境中想要的东西，你想在全球工作空间的变量rm(x, z, u, envir=sandbox)
• 化妆拷贝和删除​​

我通常做类似的第三种选择的东西。加载我的数据，执行一些检查，转换，将最终数据复制到全局工作空间并删除环境。

---

你可以随时实现你想要的。所以

1. 加载数据
   vars <- load("some_old.RData")
2. 获取大小
   vars_size <- sapply(vars, function(x) object.size(get(x)))
3. 令他们
   vars <- vars[order(vars_size, decreasing=TRUE)]
vars_size <- vars_size [order(vars_size, decreasing=TRUE)]
4. 让对话框（取决于OS，这里是Windows）中
   vars_with_size <- paste(vars,vars_size)
vars_to_save <- select.list(vars_with_size, multiple=TRUE)
5. 删除你不想
   rm(vars[!vars_with_size%in%vars_to_save])

为对象大小的漂亮的形式是我使用基于getAnywhere(print.object_size)

pretty_size <- function(x) { 
    ifelse(x >= 1024^3, paste(round(x/1024^3, 1L), "Gb"), 
    ifelse(x >= 1024^2, paste(round(x/1024^2, 1L), "Mb"), 
    ifelse(x >= 1024 , paste(round(x/1024, 1L), "Kb"), 
         paste(x, "bytes") 
    ))) 
} 

然后解决方案4.可以使用paste(vars, pretty_size(vars_size))

Answer 5

它没有复选框删除与，而您所选择的文件（S），然后单击删除。但是，下面的解决方案是很容易实现：

library(gWidgets) 
options(guiToolkit="RGtk2") 

## make data frame with files 
out <- lapply((x <- list.files()), file.info) 
out <- do.call("rbind", out) 
out <- data.frame(name=x, size=as.integer(out$size), ## more attributes? 
        stringsAsFactors=FALSE) 
## set up GUI 
w <- gwindow("Browse directory") 
g <- ggroup(cont=w, horizontal=FALSE) 
tbl <- gtable(out, cont=g, multiple=TRUE) 
size(tbl) <- c(400,400) 
deleteThem <- gbutton("delete", cont=g) 
enabled(deleteThem) <- FALSE 
## add handlers 
addHandlerClicked(tbl, handler=function(h,...) { 
    enabled(deleteThem) <- (length(svalue(h$obj, index=TRUE)) > 0) 
}) 

addHandlerClicked(deleteThem, handler=function(h,...) { 
    inds <- svalue(tbl, index=TRUE) 
    files <- tbl[inds,1] 
    print(files)       # replace with rm? 
}) 

Answer 6

一旦你想通了，你要保留什么，你可以使用从包GDATA功能-keep-做什么它的名字一样。

a <- 1 
b <- 2 
library(gdata) 
keep(a, all = TRUE, sure = TRUE) 

有关-all和-sure-选项的详细信息，请参阅help（keep）。

all: whether hidden objects (beginning with a .) should be removed, unless explicitly kept. 
sure: whether to perform the removal, otherwise return names of objects that would have been removed. 

这个函数非常有用，我很惊讶它不是R的一部分。