使用ggplot2在热图中绘制图层

我有一个数据帧，第一列有几个样本，第二列有22个因子。头（DF）的输出示例：使用ggplot2在热图中绘制图层

Sample Chromosome 
1 Sample2   chr10 
2 Sample2   chr9 
3 Sample3   chr10 
4 Sample3   chr20 
5 Sample3   chr10 
6 Sample1   chr1

既然是很多关于正常地块数据I打算做每个样品CHR10的分布的热图。例如，样品2在chr10上发生2000次。

我希望，ggplot可能会接受与它的水平作为一个规模的chr因素，但事实并非如此。

这里是我的尝试：

ggplot(GenomereportTrim,aes(Sample,Chromosome))+ 
    geom_tile(aes(fill=Chromosome),color = "white")+ 
    scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")

大约有50个独特的样本具有超过22级的染色体因素的一些分布。

任何帮助，将不胜感激。谢谢！

来源

2017-03-02 chrys

'ggplot（GenomereportTrim，AES（样品，染色体））+ stat_density_2d（的geom = “光栅”，AES（填充= ..density：这很容易通过使用2D像素合并统计实现..），轮廓= FALSE）？ – Axeman

不幸地返回一个错误：''stat_density2d（）'中的计算失败'：带宽必须严格为正值' – chrys

我不完全清楚你想要什么：你想要一个轴上的样本和另一个染色体上的热图，以及与每个样本中染色体的频率相对应的颜色？ –

如果我正确理解了你，你想要一个样本×染色体图，填充颜色对应于每个染色体的样本数。

ggplot(data) + 
    aes(Sample, Chromosome) + 
    geom_bin2d()

来源

2017-03-02 11:31:11

感谢您的帮助，它完美运作。有没有办法调整渐变比例？ – chrys

@chrys好的。调整什么意义？您可以在文档中查看'scale_fill_ {continuous，manual，brewer}'功能。有很多你可以做的定制，包括配色方案，限制，休息等。 –

我想给这个比例范围更大的范围。例如，500的计数与2000不能清楚地区分，因为它在相同的色谱中。在一个情节中，我会说增加更多的蜱虫。 – chrys

使用ggplot2在热图中绘制图层

回答

相关问题