管道破坏返回

Question

新手问题在这里;

我有以下两个函数 - 第一个，'read_fq_entry'，从subprocess.Popen（该系统调用zcat并管道它）读取行，并一次返回四行作为列表。

第二个'stream_fq'从第一个获取返回的输出，并且暂时打印它。 （最终我将被随机抽样套系，并将其写入文件

的问题是，在第一个函数的返回打破了管道 - 如何不做到这一点任何想法??

def read_fq_entry(process): 

     while (True): 
      name = process.stdout.readline()  
      seq = process.stdout.readline() 
      strand = process.stdout.readline() 
      qual = process.stdout.readline() 

      if (not name or name == '') : 
       return [] 

      return [name, seq, strand, qual] 


def stream_fq(infile1, infile2, Nr_of_reads): 


     proc1 = subprocess.Popen("zcat " + infile1, stdout=subprocess.PIPE, shell=True) 
     proc2 = subprocess.Popen("zcat " + infile2, stdout=subprocess.PIPE, shell=True) 

     while (True): 

      fq_1_entry = read_fq_entry(proc1) 
      fq_2_entry = read_fq_entry(proc2) 
      print fq_1_entry 
      print fq_2_entry 

Answer 1

线return [name, seq, strand, qual]是while True:循环中，你应该把它移到一个级别，或也许改变return声明为yield语句。