作品在命令行上而不是在一个shell脚本

Question

我这行

samtools view -h file | awk '$3=="chr$a" || /^@/' | samtools view -S - -b -o output 

了-S和-B之间的破折号应该指示的程序，它是从标准输入。我可以从命令行上的perl脚本运行它，但只要我尝试将其移入shell脚本，它就会创建文件而不输出任何数据。任何想法将不胜感激。

Answer 1

在shell脚本中单引号里面的$一个不会被扩大：

for a in {1..22} do 
    samtools view -h AD3.sorted.bam | awk '$3=="chr$a" || /^@/' | samtools view -S - -b -o chr$a.bam 
done 

Answer 2

如果您还没有看过，请看samtools FAQ。这里有一些例子可以用来处理你想要对你的管道做类似的事情。

它已经有一段时间，因为我用samtools，但我会写你的命令是这样的：

samtools view -h file | awk '$3=="chr$a" || /^@/' | samtools view -S -b - > output.bam 

另外你提到你搬到命令shell脚本。 shell脚本是否在做其他事情？如果它仍然不起作用，我会张贴，让我们看看。