在IGRAPH情节更改布局结构基于社区

我创建了一个与IGRAPH标识的社区成员：在IGRAPH情节更改布局结构基于社区

fc <- fastgreedy.community(graph) 
colors <- rainbow(max(membership(fc)))

这为我提供每个节点属于集群。现在

当我绘制这样的：

plot(graph,vertex.color=colors[membership(fc)], 
    layout=layout.kamada.kawai)

它并没有提供一个布局，其中独有各组基于成员节点的分离。有谁知道可以提供此不同的布局？所有这一切都是采取布局：kamada.kawai和着色的成员资格，而不是重组布局，以便它由会员组织。

希望这个问题有道理。谢谢！

来源

2016-07-05 Nick Knauer

什么是的igraph手册表明？我可以给出一个建议来尝试“Cytoscape”。它有一些非常好的视觉定制选项的图形。 – Rockbar

通过在社区内的所有顶点之间添加（强）关系来修改网络，并计算此网络上的布局。然后使用原始网络的计算布局。 –

假设我创建了强关系（将矩阵分成两部分），以便从0-集群数量中获得它，您是否认为如果将矩阵转换为此类型，它会在我进行布局时自动重新定位网络图？ @GaborCsardi –

您有与分配高权重的簇内的边缘和低重量，以跨越群集边界边缘的人工权重向量，以计算镰-河合布局：

> graph <- grg.game(100, 0.2)     # example graph 
> cl <- fastgreedy.community(graph) 
> weights <- ifelse(crossing(cl, graph), 1, 100) 
> layout <- layout_with_kk(graph, weights=weights) 
> plot(graph, layout=layout)

这里的窍门是ifelse(crossing(cl, graph), 1, 100)部分 - crossing(cl, graph)采用聚类和聚类所属的图形，并返回一个布尔矢量，该矢量为每个边确定边是否跨越簇边界。所述ifelse()呼叫然后简单地替换TRUE（即边缘交叉边界）在这个矢量与1和FALSE（即边缘群集内的停留）用0

来源

2016-07-10 20:37:44

这很好，谢谢！ –

在IGRAPH情节更改布局结构基于社区

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