如何获得R中进化树的节点顺序？

Question

我使用R包ggtree绘制系统发育树，我需要知道提示的顺序，以便我可以将其与每个提示的特定信息相结合。当然，我可以手动记录订单，但我有很多这些树。更重要的是，tr $ tip.label为我提供了与树形图中显示的顺序相比不同的节点顺序。

我需要的是一些R脚本，可以从系统发育树对象获得正确的提示顺序，当R绘制树时应该是相同的顺序。

树：

tr$tip.label给出：

“SEQ6” “seq16” “seq12” “seq34” “SEQ5” “seq35” “seq41” “SEQ19” “seq22”“ “seq54”“seq7”“seq26”“seq9”“seq14”“seq4”“seq8”seq29“seq33”seq33“seq11”seq33“seq11” “seq52”“seq53”“seq32”“seq21”“seq38”“seq21”“seq21”“seq38”“seq38”seq21“seq23” “seq46”“seq36”“seq15”“seq49”

我想要什么：

每一棵树尖对准与特定颜色的线。

Answer 1

> library(ggtree) 
> set.seed(123) 
> tr = rtree(15) 
> d=fortify(tr) 
> dd = subset(d, isTip) 
> dd$label[order(dd$y, decreasing=TRUE)] 
[1] "t5" "t8" "t4" "t10" "t12" "t1" "t2" "t3" "t11" "t13" "t9" "t6" 
[13] "t14" "t7" "t15" 

以下是获取与其位置对应的提示标签的示例。