与R检索GWAS信息

Question

我在尝试从GWAS catalog获取特定疾病相关信息。这可以通过电子表格下载直接从网站完成。但我想知道如果我可以在R中以编程方式执行它，任何建议都将不胜感激。

谢谢。

Avoks

Answer 1

结帐功能download.file（）和封装rcurl（http://cran.r-project.org/web/packages/RCurl/index.html） - 这应该做你正在寻找

Answer 2

你将不得不首先下载.tsv文件并手动编辑它们。 这是因为GWAS目录文件包含HTML符号，如“Behçet's disease”（定义特殊的第四个字母）中的&＃x000A7。该＃这些符号将被R解释为线的末端，因此，你会得到一个错误信息，如：

 
line 2028 did not have 34 elements 

所以，你首先downlad它，在纯文本编辑器打开时，自动更换每＃空字符，才把它加载到R：

 
read.table("gwas_catalog_v1.0-associations_e91_r2018-02-21.tsv",sep="\t",h=T,stringsAsFactors = F,quote="")