BWA找不到本地索引文件

Question

我正在尝试将.fasta文件导入到bwa中，以便使用参考基因​​组将映射到我的读取映射。不过，我目前得到这个错误：

[E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files 

任何帮助吗？这里是我的代码：

#!/bin/bash 

source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load fastqc/0.10.1 
module load fastx/0.0.13 
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load pear/0.9.10 
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load fastqc/0.10.1 
module load fastx/0.0.13 
module load bwa/0.7.12 
module load samtools/1.2 
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load trimmomatic/0.35 

r=20 
####mapping 
#Indexing reference library for BWA mapping: 
bwa index -a is ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa fungiref 

bwa mem fungiref sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam 

#sort and convert to bam 
samtools view -bS sample${r}.sam | samtools sort - sample{r}_sorted 

#counts and stats 
samtools index sample${r}_sorted.bam 
samtools idxstats sample${r}_sorted.bam > ${r}_counts.txt 

Answer 1

为bwa index用法

bwa index [-p prefix] [-a algoType] <in.db.fasta> 

您的使用不符合这一点;这是一个耻辱，bwa默默地接受这个，而不是立即抛出一个错误。令人烦恼的是，也没有办法为索引指定路径前缀。你坚持你的参考位置。

无论如何，索引文件名来源于FASTA参考文件。因此您需要调整您的索引文件名在随后的命令：

bwa mem ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam