如何在DiagrammeR中对R使用GraphViz图R

我想在DiagrammeR中使用GraphViz图。我怎样才能做到这一点？如何在DiagrammeR中对R使用GraphViz图R

myGraph = grViz(" 
digraph boxes_and_circles { 

    # a 'graph' statement 
    graph [overlap = true, fontsize = 10] 

    # several 'node' statements 
    node [shape = box, 
     fontname = Helvetica] 
    A; B; C; D; E; F 

    node [shape = circle, 
     fixedsize = true, 
     width = 0.9] // sets as circles 
    1; 2; 3; 4; 5; 6; 7; 8 

    # several 'edge' statements 
    A->1 B->2 B->3 B->4 C->A 
    1->D E->A 2->4 1->5 1->F 
    E->6 4->6 5->7 6->7 3->8 
} 
")

然后我想在DiagrammeR中使用它，但它不会允许它。

render_graph(myGraph)

给出：

Error: class(graph) == "dgr_graph" are not all TRUE

有没有办法，我需要的GraphViz的图形转换或输入到制图环境？

来源

2016-08-24 ollama

grViz返回类htmlwidget的对象，而不是dgr_graph。你可以直接myGraph Visalize。使用DiagrammeR中的create_graph函数可以使用render_graph。 – tokiloutok

不幸的是，'gd = create_graph（myGraph）'给出以下错误'错误：“节点％％colnames（nodes_df）中的％不是TRUE' - 我不明白如何使用GraphViz指定DiagrammeR图。如果这是不可能的，为什么DiagrammeR文献花费这么多时间讨论GraphViz？我的意思是，它说“Graphviz支持是DiagrammeR软件包的一个组成部分。” - 如果这是真的，他们如何连接？ – ollama

grViz需要一个描述图形的字符串（vis.js样式）：它由vis.js解释。它的返回值是一个htmlwidget对象。

render_graph需要一个使用create_graph函数创建的dgr_graph对象。

你可以看到in the DiagrammeR doc

library(DiagrammeR) 

# Create a simple NDF 
nodes <- 
    create_nodes(
    nodes = 1:4, 
    type = "number") 

# Create a simple EDF 
edges <- 
    create_edges(
    from = c(1, 1, 3, 1), 
    to = c(2, 3, 4, 4), 
    rel = "related") 

# Create the graph object, 
# incorporating the NDF and 
# the EDF, and, providing 
# some global attributes 
graph <- 
    create_graph(
    nodes_df = nodes, 
    edges_df = edges, 
    graph_attrs = "layout = neato", 
    node_attrs = "fontname = Helvetica", 
    edge_attrs = "color = gray20") 

# View the graph 
render_graph(graph)

制图可生产Graphviz的代码：从下面提到的文档：“如果你想返回的Graphviz DOT代码（到，也许，分享，或直接使用它用Graphviz的命令行实用程序），只是在render_graph使用输出= “DOT”（）”

所以

可以使用create_graph产生的graphviz点代码
您可以直接与grViz在制图

来源

2016-08-25 06:07:00 tokiloutok

很好的答案，只是为了确保清楚，'DiagrammeR'中没有将'DOT'转换为'dgr_graph'的函数。 'DiagrammeR'被设计成另一种方式，专注于帮助构建网络和渲染输出。 – timelyportfolio

明白了，所以DOT/GraphViz主要用于DiagrammeR的可视化，但不能用于图形创建 – ollama

如何在DiagrammeR中对R使用GraphViz图R

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