动态可视化景

我想表示Isomap算法的结果。但我也希望用户选择他想保留的组件数量。我为此创建了一个滑块对象，但事情是回调函数在Javascript中。因此我不能使用scikit学习来更新我的数据。这是我的代码，有人可以提供一些想法？谢谢动态可视化景

import numpy as np 
from bokeh.io import vform 
from bokeh.models import CustomJS, ColumnDataSource 
from bokeh.plotting import figure, output_file, show 
from bokeh.models.widgets import Slider 
from sklearn import manifold 

output_file("test.html") 


X = np.random.randn(1000,20) 

Y = np.random.randn(1000,20) 

X_isomap = manifold.Isomap(n_neighbors=10, n_components=2).fit_transform(X) 

X1 = X_isomap[:,0] 
X2 = X_isomap[:,1] 

IsoSource = ColumnDataSource(data=dict(x=X1, y=X2,DATA=X)) 

plot1 = figure(plot_width=400, plot_height=400,tools = "pan,wheel_zoom,box_zoom,reset,resize") 
plot1.circle('x', 'y',source=IsoSource,size=7, color="navy") 


#sliderCompMDS = Slider(title="n_components MDS",value=2,start=2,end=20,step=1) 


callback = CustomJS(args=dict(source=IsoSource),code=""" 
    var data = source.get('data'); 
    var f = cb_obj.get('value') 
    x = data['x'] 
    y =data['y'] 
    X = data['DATA'] 
    donnees = manifold.Isomap(n_neighbors=10, n_components=f).fit_transform(X) 
    x = donnees[:,0] 
    y = donnees[:,1] 
    source.trigger('change'); 

    """) 

sliderCompIso = Slider(title="n_components Isomap",value=2,start=1,end=20,step=1,callback=callback) 



layout = vform(sliderCompIso, plot1) 

show(layout)

来源

2016-04-14 clément abinader

如果您想从用户交互中触发* python *代码，则需要创建一个Bokeh服务器应用程序。正如你所指出的，'CustomJS'回调只能执行JavaScript，而不是python。你可以在这里看到几个例子：https：//github.com/bokeh/bokeh/tree/master/examples/app（点击一个图片去实时运行的应用程序版本）以及在这里找到很多文档：http://bokeh.pydata.org/en/latest/docs/user_guide/server.html – bigreddot

非常感谢您的链接。它帮助我解决了我的问题 –

首先，它始终是更好一次更新整个.data字典。所以，不做到这一点：

source2.data['y1'] = Y_MDS[:,0] 
source2.data['y2'] = Y_MDS[:,1]

而是使与数据newdict第一，然后做

source2.data = newdata

除此之外，就很难说了。看起来您每次更新都会发送〜1000 x-y点数？这不是一个不合理的数字，许多例子显示的不止这些。你确定计算本身没有花费可观的时间吗？多久：

manifold.Isomap(n_components=w).fit_transform(X)

和

manifold.MDS(n_components=u).fit_transform(Y)

拿地完成，对自己？

我的猜测是，那些只需要一些时间来计算。如果是这样的话，Bokeh就没有什么能做的。在0.12应该有一个“忙”的消息添加到协议，所以应用程序可以直观地表明，正在发生昂贵的计算。

来源

2016-04-18 13:35:48 bigreddot

我检查了MDS的计算时间，并意识到我的所有问题都来自于此。（我需要36秒生成网页和MDS需要34秒）感谢您的帮助 –

太棒了！正如我所提到的，'0.12'应该有一些新的视觉指标来帮助向用户显示事情“忙碌” – bigreddot

动态可视化景

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