R cran无法从devtools的install_github中递归地安装依赖关系

Question

我尝试测试在Ubuntu 16.04上使用Windows 7开发的软件包。对于我在R 3.3.1上工作的两个平台（但我也在3.3.0上测试）。

我的软件包保存在我的GitHub仓库（https://github.com/charlottesirot/elementR）。当我从Ubuntu的运行此命令，没有问题的发生：

library(devtools) 
    install_github("charlottesirot/elementR", dependencies = T , force = T) 

但随着Windows 7的，我有以下的回答：

Downloading GitHub repo charlottesirot/elementR@master from URL https://api.github.com/repos/charlottesirot/elementR/zipball/master Installing elementR "C:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/bin/i386/R" --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet CMD \ INSTALL \ "C:/Users/Cha/AppData/Local/Temp/RtmpUX1GVA/devtoolsa907a336b/charlottesirot-elementR-103e064" \ --library="C:/Users/Cha/Documents/R/win-library/3.3" --install-tests

• installing source package 'elementR' ... ** R ** inst ** preparing package for lazy loading Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : there is no package called 'XML' ERROR: lazy loading failed for package 'elementR'
• removing 'C:/Users/Cha/Documents/R/win-library/3.3/elementR' Error: Command failed (1)

据我了解，R试图安装我的包的依赖关系（例如Shiny ...），但它无法安装依赖关系的依赖关系（例如，来自gnumeric包的XML）

因此，我尝试手动安装XML思想，可能是XML存在问题，然后：

• installing source package 'elementR' ... ** R ** inst ** preparing package for lazy loading Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : there is no package called 'gtools' ERROR: lazy loading failed for package 'elementR'
• removing 'C:/Users/Cha/Documents/R/win-library/3.3/elementR'

我不能手动安装所有的软件包，它没有任何意义！

而且当我尝试比我少包东西神秘，以为我能在我的代码makea错误：

install_github("hadley/ggplot2", force = T) 

• 安装源包 'GGPLOT2' ...... ** [R ** data ***将数据集移动到lazyload DB ** inst **测试 **为延迟加载准备软件包loadNamespace（i，c（lib.loc，.libPaths（）），versionCheck = vI [ [i]]）：没有包所谓 'assertthat' ERROR：迟缓装载失败包 'GGPLOT2'
• 除去 'C：/Users/Cha/Documents/R/win-library/3.3/ggplot2'
• 恢复之前的“C：/用户/查/Documents/R/win-library/3.3/ggplot2' 错误：命令失败（1 ）

我觉得这是从install_github问题??? 你觉得呢？

这里是我的命名空间：

exportPattern("^[[:alpha:]]+") 

importFrom(R6, R6Class) 
importFrom(shinyjs, colourInput) 
importFrom(shinyjs, delay) 
importFrom(shinyjs, useShinyjs) 
importFrom(gnumeric, read.gnumeric.sheet) 
importFrom(abind, abind) 
importFrom(tcltk2, tk2text) 
importFrom(gdata, read.xls) 
importFrom("readODS", read.ods) 
importFrom("grDevices", "bmp", "colorRampPalette", "dev.off", "jpeg", 
      "png", "rainbow", "tiff") 
importFrom("graphics", "abline", "layout", "legend", "mtext", "par", 
      "plot", "points", "rect", "text", "title") 
importFrom("stats", "sd") 
importFrom("utils", "read.table", "write.csv", "write.table") 

import(shinydashboard, shiny, stringr, lmtest, reader, devtools, tcltk) 

对于我来说，它看起来不错，但你觉得呢？

我看了网上很多文章，但我只找到一个消息，这正好是比我情况一样的，但它是不够的信息： Cannot install "flexdashboard package"

我完全停留在这一点上，我会喜欢在这个问题上有你的帮助。

谢谢verrrrrry提前！

CHa

Answer 1

最近，我遇到了类似的问题或可能是相关的问题。事实证明，devtools install_github中存在一个错误，尽管dependecies=TRUE错过了正确的依赖关系安装。看看：Does install_github recursively install dependencies?如果问题仍然存在，最好直接通过他们的github存储库联系作者。

另外，我只是观察后Windows更新，在此期间，权限似乎已经改变下载或更新程序包为个人赢得用户的库，而不是“默认” R库文件夹中出现的另一问题。我怀疑devtools似乎因此丢失了哪些软件包在哪个版本上被加载或可用。新的R重新安装（即库文件夹清理）解决了这个问题，但这可能并不总是方便的。