从基因符号和ID获取基因位置

Question

我想从基因符号（例如：TTN）和基因ID（例如：ENSG00000155657）中获取人类基因组的基因位置。我想用biomaRt的R包来做。我该怎么做？

Answer 1

我不完全知道你的基因位置的意思，但我认为下面应该让你开始：

ensembl <- useMart("ensembl") 
ensembl <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart=ensembl) 
getBM(attributes=c('chromosome_name', 'start_position', 'end_position', 'strand'), 
     filters=c('hgnc_symbol', 'ensembl_gene_id'), 
     values=list('TTN', 'ENSG00000155657'), 
     mart=ensembl) 

您可以输入多个过滤器在这个例子中添加额外的载体（的长度为二）到values列表。

您可以使用函数listAttributes(ensembl)来获取data.frame，其中包含您可以从biomart获取的所有属性。

正如@neilfws已经指出的那样，biomaRt user guide是寻找关于biomaRt的更多信息的正确地方。我建议您在Bioconductor support forum上询问更多有关Bioconductor R软件包如biomaRt的问题。