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我有一个包含序列的文件:ATGAAGCTAGGCATATTC。我想要一个简单的python代码, 将这个序列分成3s:ATG AAG GCT ....然后将它们的索引除以3s: 123 456 789 ........将文件中的序列划分为3s并对它们进行编号
最终打印输出应该是这样的:
ATG 123
AAG 456
CTA 789
GGC 101112
ATA 131415
TTC 161718
这是我迄今所做的:
#!/usr/bin/python
import string
import sys
fileName1=sys.argv[1];
o=open(fileName1);
I=o.readlines();
I=map(string.strip,I);
I=''.join(I);
for i in range(0,len(I),3):
print I[i:i+3], i+1;
和我得到这样的输出:
ATG 1
AAG 4
CTA 7
GGC 10
ATA 13
TTC 16
第一列是正确的,但第二列不是我想要的。