BLAST数据库错误：没有为核苷酸数据库找到别名或索引文件

我试图运行blastn，然后还单独SIFT。我有数据库配置问题，但是因为我得到以下几点：BLAST数据库错误：没有为核苷酸数据库找到别名或索引文件

[email protected] ~/Phd/programs/sift4.0.3b $ blastn -query test/lacI.fasta -db db/swissprot/ 
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [db/swissprot/] in search path [/home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b:::]

其他线程的一些建议后，我下载了一个蛋白质数据库，例如SWISSPROT：

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/fastafiles/uniprot/uniprotkb_swissprot.gz 

zcat uniprotkb_swissprot.gz | awk '{if (/^>/) { print ">" $2} else { print $_}}' > swissprot.fa

，然后用makeblastdb到创建一个blast数据库：

[email protected] ~/Phd/programs/sift4.0.3b/db/swissprot $ makeblastdb -in swissprot.fa -dbtype prot 

Building a new DB, current time: 10/27/2014 13:18:57 
New DB name: swissprot.fa 
New DB title: swissprot.fa 
Sequence type: Protein 
Keep Linkouts: T 
Keep MBits: T 
Maximum file size: 1073741824B 
Adding sequences from FASTA; added 546439 sequences in 19.0039 seconds.

但我仍然遇到同样的问题。我究竟做错了什么？

来源

2014-10-27 brucezepplin

您已列出数据库文件所在的文件夹，而不是数据库本身。尝试：

blastn -query test/lacI.fasta -db db/swissprot/swissprot.fa

（当然，这是行不通的或者是因为找你尝试使用BLASTN蛋白质数据库您可能需要使用BLASTX）

来源

2014-11-27 12:59:20 heathobrien

BLAST数据库错误：没有为核苷酸数据库找到别名或索引文件

回答

相关问题