出的R中的内存的igraph

Question

我发现一个大图的cocitation矩阵（200K节点）：

cocitation(graph) 

那么问题出现

Error in cocitation(graph):At vector.pmt:125 : cannot init vector, Out of memory 

我该如何解决这个问题？

非常感谢您

Answer 1

一般解决了内存问题是

1. 一个做你的代码的东西聪明，所以它不太占用大量内存。

2. 购买更多的RAM（通常比花费的时间更便宜）。

3. 使用并行 包之一在多台机器之间传播负载。使用bigmemory包装。

4. 使用数据集的子集。

我同意伊恩院士最后的选择可能是你最好的选择。

Answer 2

问题是，igraph试图分配一个200K x 200K矩阵来存储结果。尽管矩阵中的大多数元素可能都是零，但igraph没有单独的稀疏矩阵数据类型，所以它必须分配一大块内存来容纳所有4 x 10 元素 - 这不会是上班。

由于您很可能一次不需要整个矩阵，而您对该矩阵的一些统计数据感兴趣，您可以简单地创建一个从零到顶点数减去的for循环一个（因为igraph索引从零开始 - 注意R将在0.6中改变），并且计算一个同位矩阵的行：

for (i in 0:vcount(g)-1) { 
    row <- cocitation(g, v=i) 
    # Do whatever you want with the row here 
}