在Mac上安装rJava时遇到麻烦; JNI数据类型的问题

Question

解决！

查看我的解决方案，以防万一这个问题在未来帮助其他人。

错误

正如标题所述，它没有我。我收到，当我从在'r尝试install.packages('rJava')误差（有一些前述好的支票）：

checking whether JNI programs can be compiled... yes 
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this. 
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’ 
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.2/site-library/rJava’ 

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修复尝试

我已经确认并尝试下列分辨率，没有它的工作对我来说：

• sudo R CMD javareconf

• more detailed sudo R CMD javareconf

• export JAVA_HOME，但是在这种情况下，我没有做LD_LIBRARY_PATH，因为它似乎并没有相关到Mac。

没有这样的运气，有任何这些尝试。

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我有以前安装的正确rJava（和RJDBC）。

[编辑：我后来才发现，实际的问题是升级到OS X 10.11，埃尔卡皮坦]

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配置

$ java -version 
java version "1.8.0_45" 

> R.Version() 
$platform 
[1] "x86_64-apple-darwin15.0.0" 
$version.string 
[1] "R version 3.2.2 (2015-08-14)" 

的Mac OS本身：

System Version: OS X 10.11.1 (15B42) 

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Answer 1

我终于解决了这个链接，通过一个解决方案，我发现here。

新的Mac OS X（10.11，埃尔卡皮坦）与ENV变量的麻烦。

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rJava的最新开发风味管理正确处理的事情。这是我做过什么来解决它：

1. 下载版本0.9-8（rJava_0.9-8.tar.gz）从here

2. 从下载源安装：

   $ R CMD INSTALL〜/下载/ rJava_0。 9-8.tar.gz

（或任何你把它），这是所有

我t拿了！

Answer 2

我没有做LD_LIBRARY_PATH，因为它似乎并没有相关到Mac

是的，但Mac有DYLD_LIBRARY_PATH。如果你与-ljvm链接，你必须有目录libjvm.dylib在DYLD_LIBRARY_PATH。

这么说，我发现它更方便JNI程序与-ljli（在lib/jli）联系起来，因为-ljvm链接的程序会打开一个提示安装苹果自己的Java运行时，系统没有它（至少他们前段时间在我和我们客户的系统上做过）。

编辑：这里是到dyld documentation