如何在R中导入文本文件时跳过空文件？

我有一个包含约700个文本文件的文件夹，我想要导入并添加一列。我已经想出了如何使用以下代码执行此操作：如何在R中导入文本文件时跳过空文件？

files = list.files(pattern = "*c.txt") 
DF <- NULL 
for (f in files) { 
    data <- read.table(f, header = F, sep=",") 
    data$species <- strsplit(f, split = "c.txt") <-- (column name is filename) 
    DF <- rbind(DF, data) 
} 
write.xlsx(DF,"B:/trends.xlsx")

问题是，大约有100个文件是空的。因此代码停止在第一个空文件和我得到这个错误消息：

错误函数read.table中（F，标题= F，九月=“”）：可用无线输入

有没有办法跳过这些空文件？

谢谢！

来源

2015-10-16 wallflower

你知道如何检查文件是否为空？你可以添加一个if语句（'if（file is not empty）{do something}'）。值得注意的是：如果您遇到性能问题，那么有更高效的方法来做到这一点。多次调用rbind可能会很慢。 – Heroka

对于不同的方法，引入明确的错误处理，想想tryCatch处理别的坏在你read.table可能发生。

for (f in files) { 
    data <- tryCatch({ 
     if (file.size(f) > 0){ 
     read.table(f, header = F, sep=",") 
      } 
     }, error = function(err) { 
      # error handler picks up where error was generated 
      print(paste("Read.table didn't work!: ",err)) 
     }) 
    data$species <- strsplit(f, split = "c.txt") 
    DF <- rbind(DF, data) 
}

来源

2015-10-16 17:05:16

您可以通过检查file.size(some_file) > 0跳过空文件：

files <- list.files("~/tmp/tmpdir", pattern = "*.csv") 
## 
df_list <- lapply(files, function(x) { 
    if (!file.size(x) == 0) { 
     read.csv(x) 
    } 
}) 
## 
R> dim(do.call("rbind", df_list)) 
#[1] 50 2

这跳过了10个文件是空的，并且在没有其他10读取。

数据：

for (i in 1:10) { 
    df <- data.frame(x = 1:5, y = 6:10) 
    write.csv(df, sprintf("~/tmp/tmpdir/file%i.csv", i), row.names = FALSE) 
    ## empty file 
    system(sprintf("touch ~/tmp/tmpdir/emptyfile%i.csv", i)) 
}

来源

2015-10-16 16:52:29 nrussell

如何在R中导入文本文件时跳过空文件？

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