通过ssl读取csv文件与R

现在，全世界都在坚持使用SSL（一个很有意义的决定），我们中一些使用github和相关服务来存储csv文件的人有一点点有点挑战。从URL读取时，read.csv（）函数不支持SSL。为了解决这个问题，我正在做一个我喜欢称之为SSL kabuki舞的小舞。我用RCurl抓取文本文件，将其写入临时文件，然后用read.csv（）读取它。有没有更平滑的方式来做到这一点？更好的解决方法？通过ssl读取csv文件与R

这里的SSL歌舞伎的一个简单的例子：

require(RCurl) 
myCsv <- getURL("https://gist.github.com/raw/667867/c47ec2d72801cfd84c6320e1fe37055ffe600c87/test.csv") 
temporaryFile <- tempfile() 
con <- file(temporaryFile, open = "w") 
cat(myCsv, file = con) 
close(con) 

read.csv(temporaryFile)

来源

2010-11-08 JD Long

是的 - 请参阅help(download.file)，read.csv()及其所有表兄弟指出。 method=其中的参数有：

method用于下载文件的方法。目前可以使用“internal”，“wget”，“curl”和“lynx”等下载方法，并且有一个值“auto”：请参阅'Details'。该方法也可以通过选项“download.file.method”进行设置：参见options（）。

然后您使用此选项options()：用于download.file

download.file.method: 方法。目前提供下载方法“内部”，“wget”和“lynx”。当选择method =“auto”时，此选项没有默认值：请参阅download.file。

求助于外部程序curl，而非RCurl包。

编辑：看起来我是半右半错。 read.csv()等人不是使用所选方法，需要手动使用download.file()（然后使用curl或其他所选方法）。使用download.file()的其他功能（例如软件包安装或更新）将从设置选项中获利，但对于JD对通过https的csv文件的初始查询，在下载的文件的read.csv()之前需要明确的download.file()。

来源

2010-11-08 16:39:06

download.file的帮助页面显示“不支持https：//连接”。你是否在说明指定选项（download.file.method =“curl”）可以解决这个问题？ – 2010-11-08 18:42:13

是的，因为R会'挤出'卷曲而不是使用自己最小的http/ftp客户端代码。 – 2010-11-08 18:46:05

@DWin帮助页面指出你引用的行只引用'method =“internal”'。 – 2010-11-08 18:58:41

ř核心应该打开将R连接，作为C API。没有响应

https://stat.ethz.ch/pipermail/r-devel/2006-October/043056.html

：我提出这个过去。

来源

2010-11-08 16:38:30 Jeff

非常真实，有一天我们可以更好地解决问题，但严格来说，这里不涉及问题，是吗？ ;-) – 2010-11-08 16:47:34

是的，它是相关的，因为可以使用建议的Connections API进行https ssl连接。这样，可以使用url（“https：// ...”）等。 – Jeff 2010-11-08 17:42:19

使用Dirk的建议来探索method=""导致这个稍微更简洁的方法，它不依赖于外部RCurl包。

temporaryFile <- tempfile() 
download.file("https://gist.github.com/raw/667867/c47ec2d72801cfd84c6320e1fe37055ffe600c87/test.csv",destfile=temporaryFile, method="curl") 
read.csv(temporaryFile)

但现在看来，我不能只是设置options("download.file.method"="curl")

来源

2010-11-08 19:13:38

看起来不错。而我通过'tempfile（）'方式使用'tempdir（）'，以便在R存在会话时清除文件。 – 2010-11-08 19:30:28

没有必要把它写入一个文件 - 只需使用textConnection（）

require(RCurl) 
myCsv <- getURL("https://gist.github.com/raw/667867/c47ec2d72801cfd84c6320e1fe37055ffe600c87/test.csv") 
WhatJDwants <- read.csv(textConnection(myCsv))

来源

2010-11-09 08:53:46 Sean

我需要命名更多的对象“WhatJDwants”。感谢您向我展示如何使用textConnection（） – 2010-11-09 12:15:36

我发现，因为Dropbox的改变他们提供https：//链接的方式都不是。幸运的是，我不是第一个做出这个发现的，溶液被张贴克里斯托弗·甘拉德在R-博客：

http://www.r-bloggers.com/dropbox-r-data/

这种方法只对我来说，安装repmis包及其依赖后。

来源

2014-08-19 19:37:50

鉴于这个问题出现了很多，我一直在研究一个包以无缝处理HTTPS/SSL数据。该软件包被称为rio。它的一个版本是在CRAN上，但现在支持这个is only available on GitHub的最新版本。一旦你已经安装的软件包，你可以在一行中的数据读取：

# install and load rio 
library("devtools") 
install_github("leeper/rio") 
library("rio") 

# import 
import("https://gist.github.com/raw/667867/c47ec2d72801cfd84c6320e1fe37055ffe600c87/test.csv") 
## a b 
## 1 1 2 
## 2 2 3 
## 3 3 4 
## 4 4 5

基本上，import处理手动下载（使用curl），然后从文件扩展名推断文件格式，这样就产生一个数据帧而不需要知道要使用什么功能或如何下载它。

来源

2015-02-25 11:48:38 Thomas

通过ssl读取csv文件与R

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