AssertionError：无法使用命令生成曲面文件

Question

我得到msms.exe已停止使用这个简单的脚本，请帮我调试它。我尝试了不同的PDB，结果相同。你可能想看看ResidueDepth.py。

AssertionError：无法使用命令生成曲面文件： msms -probe_radius 1.5 -if C：\ Users \ Ahmad \ AppData \ Local \ Temp \ tmp2pa74le2 -of C：\ Users \ Ahmad \ AppData \ Local \ Temp \ tmpf7zqwkg6> C：\用户\艾哈迈德\应用程序数据\本地\ TEMP \ tmpncvn65g4

from Bio.PDB import PDBParser, ResidueDepth 

p = PDBParser() 
s = p.get_structure("X", '1crn.pdb') 
model = s[0] 

rd = ResidueDepth(model, '1crn.pdb') 
print(rd[(chain_id, res_id)]) 

Answer 1

的ResidueDepth代码取决于pdb_to_xyzr，这是一个bash脚本，不能在窗口运行。关于这个问题here创建了一个问题。