R ggplot巧合图

我正在处理多个病人的数据库，并试图创建一个图形显示这些条件之间的关联。更具体地讲，我想获得类似如下：R ggplot巧合图

我的数据被组织为：

mal1 mal2 mal3 etc. 
0 0 1 
1 1 0 
0 1 0 etc.

我创作的数据我希望它使用下面的代码显示：

X <- as.matrix(hdat2) 
out <- crossprod(X) 
diag(out) <- 0

而且我创建的情节：

out<- melt(out) 
out$value[which(out$value==0)]<-NA 
g <- ggplot(data.frame(out), aes(Var1, Var2)) + geom_point(aes(size = value), colour = "black") + theme_bw() + xlab("") + ylab("") 
g + scale_size_continuous(range=c(2,10))+

结果我获得该地块

我想隐藏剧情，我认为这是误导性的（类似于如何，我相关矩阵我可以的对称的一半隐藏对称的一半）。但是，我不知道如何去做。

任何人都可以帮忙吗？感谢

来源

2016-09-16 Viet-Thi Tran

子集的数据只包括你想要的一半 – Gregor

为什么你说它是误导性的？解决这个问题的一种方法是做一些类似于你链接的原始情节，并将它缩放到目前的百分比，这会使（A，B）处的点成为（B，A）处的点的不同大小和含义（A与B的百分比与B与A的百分比，反之亦然）。 –

误导可能不是正确的术语，我想说t帽子让读者难以理解这个数字。我会尝试子集数据。谢谢！ –

首先，一些重复性的数据：

mat <- 
    data.frame(
    malA = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.2,0.8)) 
    , malB = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.3,0.7)) 
    , malC = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.4,0.6)) 
    , malD = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.5,0.5)) 
) 

out <- crossprod(as.matrix(mat)) 
diag(out) <- 0

下面是一个例子限制到只有一半，你有兴趣使用dplyr：

toPlotHalf <- 
    melt(out) %>% 
    mutate_each(funs(factor(.)) 
       , starts_with("Var")) %>% 
    filter(as.numeric(Var1) < as.numeric(Var2)) 

ggplot(toPlotHalf 
     , aes(Var1, Var2)) + 
    geom_point(aes(size = value), colour = "black") + 
    theme_bw() + xlab("") + ylab("") + 
    scale_size_continuous(range=c(2,10))

注，然而，以这种方式，你的情节将会被特殊的疾病所控制，这些疾病很常见。或者，你可以提出的人的比例与具有其他弊病（注意，现在的倒数点不（一定）相同尺寸的每个弊病：

toPlot <- 
    prop.table(out, 1) %>% 
    melt() %>% 
    filter(value > 0) 



ggplot(toPlot 
     , aes(Var1, Var2)) + 
    geom_point(aes(size = value), colour = "black") + 
    theme_bw() + xlab("") + ylab("") + 
    scale_size_continuous(range=c(2,10))

来源

2016-09-16 17:33:43

完美运作。谢谢 –

R ggplot巧合图

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