当我运行下面的脚本时,输出被分成单个字符。任何想法为什么?它看起来像第二个参数分成单个字符。如何使用biopython配对来对齐单词列表
我想对齐单词序列。
我会有很多单词,因此无法将它们映射到仅字母。
from Bio.Seq import Seq
from Bio.pairwise2 import format_alignment
fruits = ["orange","pear", "apple","pear","orange"]
fruits1 = ["pear","apple"]
from Bio import pairwise2
alignments = pairwise2.align.localms(fruits,fruits1,2,-1,-0.5,-0.1, gap_char=["-"])
for a in alignments:
print(format_alignment(*a))
输出:
['orange', 'r', 'a', 'e', 'p', 'e', 'l', 'p', 'p', 'a', 'pear', 'orange']
|||||||||
['-', 'r', 'a', 'e', 'p', 'e', 'l', 'p', 'p', 'a', '-', '-']
Score=4
对不起,你的原则的例子应该工作。 '''pairwise2'''接受列表作为输入。很明显,我在'''pairwise2'''的最后一次更新期间弄坏了一些东西。如果您可以访问Biopython 1.67,那么您可以在那里尝试一下吗? – Markus