使用dendextend在R中绘制纠结图子图

我正在使用dendextend来绘制R中的Tanglegrams。我想知道是否可以使用par(mfrow = c(2,2))绘制多个子图？使用dendextend在R中绘制纠结图子图

我似乎无法弄清楚。

感谢

library(dendextend) 
dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram 
dend15 <- dend15 %>% set("labels_to_char") 
dend51 <- dend15 %>% set("labels", as.character(5:1)) %>% match_order_by_labels(dend15) 
dends_15_51 <- dendlist(dend15, dend51) 

par(mfrow = c(2,2)) 
tanglegram(dends_15_51) 
tanglegram(dends_15_51) 
tanglegram(dends_15_51) 
tanglegram(dends_15_51)

来源

2016-09-30 user2861089

TL;博士：这是不可能使用par(mfrow=...)与功能tanglegram，但它使用layout是可能的。

说明：如果你看一下功能tanglegram近，你会看到（methods(tanglegram)），在骨子里，有几种方法，其中，dendextend:::tanglegram.dendrogram这就是所谓绘制tanglegram（如可以在里面dendextend:::tanglegram.dendlist可见功能）。

在这个函数中，有一个layout呼叫：

layout(matrix(1:3, nrow = 1), widths = columns_width)

这种“擦除”你以前的par(mfrow=c(2, 2))设置，并在其更改为c(1, 3)（只为功能的“时间”，但因为函数结束时，值被重置...）。

事实上，在layout帮助页面，它说：

这些功能与其他机制安排的设备上图完全不相容：PAR（mfrow），标准杆（mfcol）和分裂。屏幕。

结论：如果你想在同一个“窗口”，以绘制几个tanglegrams你需要使用layout通话（与12子部分：2行6列）提前调用到tanglegram和使用参数just_one=FALSE来抑制layout内部tanglegram的呼叫。

绘制几个tanglegrams的例子：

使用下面的代码，就可以得到所希望的描绘（我把函数的默认宽度为布局）：

layout(matrix(1:12, nrow=2, byrow=TRUE), widths=rep(c(5, 3, 5), 2)) 
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE) 
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE) 
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE) 
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE)

这是通过更新dendextend包完成的，其中：我修改了2个函数tanglegram.dendrogram和tanglegram.dendlist添加just_one参数，默认为TRUE并改变了layout的线在tanglegram.dendrogram到：

if (just_one) layout(matrix(1:3, nrow = 1), widths = columns_width)

我还抑制par参数复位，当然改变在tanglegram.dendlist呼叫（现在称为tanglegram.dendlist_mod）所以它调用新的修改函数，合并just_one参数并将其传递给修改后的tanglegram.dendrogram函数。

来源

2016-10-04 10:00:06 Cath

作为一个快速的替代方法，你可以抓住图像，并将其转换为网格对象，然后结合在一起。http://stackoverflow.com/questions/27929452/r-return-corrplot-as-object/#27948707 – user20650

@ user20650我想过使用'grid'，但没有意识到可以抓取图像。我一直想念这个包，谢谢！ – Cath

@ user20650不错的主意，但不幸的是，您链接到的解决方案不适用于tanglegram。问题似乎是水平树形图上的“grid.echo”扼流圈（例如，'图（dend51）; grid.echo（）'工作，'plot（dend51，horiz = TRUE）; grid.echo（）会抛出一个错误），这是将图像转换为网格对象所必需的。 –

不是在单个图形设备中创建组合图，而是将它们放入文档中时创建多个图并进行排列。 knitr包通过使用fig.show = "hold"来保持在单个R块中产生的多个图并且指定相关的out.width（例如， 50％有连续两个地块，因为当地块放置在文件中时。

例如，在R降价（.Rmd）文件，你可能有

```{r, fig.show = "hold", out.width = "50%", echo = FALSE} 
suppressPackageStartupMessages(library(dendextend)) 
dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram 
dend15 <- dend15 %>% set("labels_to_char") 
dend51 <- dend15 %>% set("labels", as.character(5:1)) %>% match_order_by_labels(dend15) 
dends_15_51 <- dendlist(dend15, dend51) 
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1) 
plot.new() 
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1) 
plot.new() 
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1) 
plot.new() 
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1) 
```

，当knit泰德HTML，看起来像下面这样：

有几个我对代码所做的修改：

从dendextend中取消软件包启动消息。
增加了默认值margin_outer以避免重叠来自邻近图的x轴标签。
在调用tanglegram之间添加了plot.new()，否则下一个图将绘制在前一个图上（这是tanglegram使用layout的结果，并且在生成多个图时通常不需要）。

可以在.Rnw文件中使用相同的方法。如果您正在编译为PDF（通过LaTeX），则可以添加图标题和子标题，有关更多详细信息，请参阅knitr demo #067 - Graphics Options。

来源

2016-10-04 13:24:47

使用dendextend在R中绘制纠结图子图

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