R：居中heatmap.2 key（gplots包）

我想通过heatmap.2（）命令创建一个热图，其颜色键以0为中心（即白色 - > 0，红色 - >大于比0，蓝色 - >小于0），同时保持scale =“none”，因为我有兴趣绘制实际值的热图。然而，所有我的热图的不使用时以下行集中于零：R：居中heatmap.2 key（gplots包）

library(gplots) 
outputHeatmap <- heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE, 
    Colv=FALSE, col= bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
    trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=FALSE, symkey=TRUE)

我认为使用命令symkey = TRUE会的工作，但事实并非如此。我正在尝试使变量的热图是一个（n×3）数值矩阵。上述heatmap.2（）命令有问题的输入如下：

8.408458 5.661144 0.00000000 
4.620846 4.932283 -0.46570468 
-4.638912 -3.471838 -0.12146109 
-4.822829 -3.946024 0.06403327 
3.948832 4.520447 -0.31945941

谢谢你的时间。我期待着你的回复。

来源

2012-04-06 user1318114

该解决方案似乎只是将symbreaks添加到您的heatmap.2。这里是你的数据完全重复的例子：

library(gplots) 
#read your example data 
heatmapInputActual <- read.table(textConnection(
"8.408458 5.661144 0.00000000 
4.620846 4.932283 -0.46570468 
-4.638912 -3.471838 -0.12146109 
-4.822829 -3.946024 0.06403327 
3.948832 4.520447 -0.31945941 
"),as.is=TRUE) 
#convert sample data to matrix 
heatmapInputActual <- as.matrix(heatmapInputActual) 
#just add symbreaks to the end of your code 
heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE, Colv=FALSE, 
      col = bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
      trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=F,symkey=T,symbreaks=T)

enter image description here

来源

2012-04-08 19:16:52

是啊！这应该是被接受的答案。 – Noah 2012-05-01 14:39:27

运行完全相同的代码后，我没有得到颜色键！ – 2013-07-16 07:02:32

@ayeshamalik不知道为什么，为我工作。你是R还是gplots包是最新的？ – 2013-07-16 15:23:16

R：居中heatmap.2 key（gplots包）

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