r - 使用multcompLetters添加连接字母

我希望有人有2分钟的时间来解释我2件事情。我有这个代码，我运行在一个非常大的数据集上。它使用multcompLetters将连接字母添加到我的箱型图中。我有一个4治疗和2种基因型的实验设置，所以我的aov就像y〜Treat + Geno + Geno：Treat。当我用处理（3df）或交互（7df）运行代码时，它似乎始终工作得很好。当我在Geno上运行它时（这里是x），我得到一个错误。r - 使用multcompLetters添加连接字母

Error in multcompLetters(t$x[, 1]) : Names required for t$x[, 1]

我真的找不到原因。

第二个问题 -

什么是[1,4]意味着

groups2 <- multcompLetters(t$x[,4])

？

为你使代码样机：

#RGR ~ Geno boxplot 
y<-c(1,2,6,4,5,7,2,3,9,7,5,6,4,3,2,3,4,5,4,5) 
x<-c("no","yes","no","yes","no","yes","no","yes","no","yes", 
"no","yes","no","yes","no","yes","no","yes","no","yes") 
fit <- aov(y~x) 
summary(fit) 
t <- TukeyHSD(aov(fit)) 
t 
names(t) 
boxplot(y~x, data=For.R, ylim=c(0,10),xlab="Some", ylab="Else") 
tp <- extract_p(t) 
tp 
groups2 <- multcompLetters(t$x[,4]) 
lets <- groups2$Letters[c(4,1:3)] 
text(1:4, 95 ,lets)

感谢。

来源

2014-10-07 Mathias

看看'T $ x'。 't $ x [，4]'是第四列，'t $ x'的所有行。更好的方法是说't $ x [，'p adj']'，这样它在代码中更具可读性。这是非常基本的R，所以你应该在问这里之前阅读一些教程。另外，我猜你正在使用'multcompView'包，这也应该提到。你也没有包含'For.R'的数据，我想这只是'data.frame（x = x，y = y）'。 – nograpes 2014-10-07 21:12:58

什么multcompLetters预计是一个值的矩阵，因为它预计不止一个比较。在你的数据中，你只有一个比较，yes vs no。如果你看看你的t$x变量中，你可以看到这个矩阵：

t$x 
#  diff  lwr  upr p adj 
# yes-no 0.3 -1.631884 2.231884 0.747998

通常，这里将有很多行。不幸的是，当你从这个矩阵中只选择一行时，所有的行名都被删除，并且multcompLetters需要这个名字。例如：

t$x[,4] 
# [1] 0.747998 # No names.

为了防止这种情况，你有一个参数添加到您的子查询：

t$x[,4,drop=FALSE] 
#   p adj 
# yes-no 0.747998 # Names intact 

multcompLetters(t$x[,4,drop=FALSE]) # Works. 
# $Letters 
# yes-no 
# "a" 
# 
# $LetterMatrix 
#   a 
# yes-no TRUE

来源

2014-10-07 21:19:38 nograpes

谢谢。它的工作原理是收到一封信。但不是在每个框的顶部添加一个字母。我很想阅读更多关于R的文章，但是我的论文在星期五早上有一个截止日期，所以它必须在那之后。 – Mathias 2014-10-08 12:26:04

这段代码有诀窍。但是如果我有两个以上的类别，我只能让它工作。 – Mathias 2014-10-08 12:27:12

y <-c（1,22,6,42,5,72,2,32,9,72,5,62,4,32,2,32,4,52,4,52,20,21， 22,23,24,23,21,21,23,21） x <-c（“否”，“是”，“否”，“是”，“否”，“是”，“否”， “是”，“否”，“是”， “否”，“是”，“否”，“是”，“否”，“是”，“否”，“是”，“否” “pos”，“pos”，“pos”，“pos”，“pos”，“pos”，“pos”） fit <-aov（（y），y（x），y = x） #summary（fit） t < - TukeyHSD（aov（fit）） #t #names（t） boxplot（y_x，data = For.R，ylim = c ）），xlab =“Some”，ylab =“Else”） tp < - extract_p（t） groups2 < - multcompLetters（t $ x [，4]） let < - groups2 $ Letters [c（3,1： 2）] groups2 让文本（1：3，20，让） – Mathias 2014-10-08 12:30:53

r - 使用multcompLetters添加连接字母

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