R不承认Pandoc Linux Mint的

Question

我问一个相关的问题：从回答，直到我在所有三个系统测试自己的解决方案check if a program is installed

，但我克制。我可以得到pandoc于从R内工作的Windows机器上，但在Linux上我获得从R终端的每个方法此错误/响应：

1：

> system('pandoc -v') 
sh: 1: pandoc: not found 

2：

> myPaths <- c("pandoc", 
+    "~/.cabal/bin/pandoc", 
+    "~/Library/Haskell/bin/pandoc", 
+    "C:\\PROGRA~1\\Pandoc\\bin\\pandoc") 

> Sys.which(myPaths) 
          pandoc    ~/.cabal/bin/pandoc 
           "" "/home/tyler/.cabal/bin/pandoc" 
    ~/Library/Haskell/bin/pandoc C:\\PROGRA~1\\Pandoc\\bin\\pandoc 
           ""        "" 

3：

> Sys.which("pandoc") 
pandoc 
"" 

你可能会认为我没有pandoc安装和路径上，但我相信我做的。从一个干净的终端会话：

> tyler@trinker ~ $ echo $PATH 
> /usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/home/tyler/.cabal/bin 

和

tyler@trinker ~ $ pandoc -v 
pandoc 1.10.1 
Compiled with citeproc-hs 0.3.7, texmath 0.6.1.3, highlighting-kate 0.5.3.6. 
Syntax highlighting is supported for the following languages: 
    Actionscript, Ada, Alert, Alert_indent, Apache, Asn1, Asp, Awk, Bash, 
    Bibtex, Boo, C, Changelog, Clojure, Cmake, Coffee, Coldfusion, Commonlisp, 
    Cpp, Cs, Css, Curry, D, Diff, Djangotemplate, Doxygen, Doxygenlua, Dtd, 
    Eiffel, Email, Erlang, Fortran, Fsharp, Gnuassembler, Go, Haskell, Haxe, 
    Html, Ini, Java, Javadoc, Javascript, Json, Jsp, Julia, Latex, Lex, 
    LiterateCurry, LiterateHaskell, Lua, Makefile, Mandoc, Matlab, Maxima, 
    Metafont, Mips, Modula2, Modula3, Monobasic, Nasm, Noweb, Objectivec, 
    Objectivecpp, Ocaml, Octave, Pascal, Perl, Php, Pike, Postscript, Prolog, 
    Python, R, Relaxngcompact, Rhtml, Ruby, Scala, Scheme, Sci, Sed, Sgml, Sql, 
    SqlMysql, SqlPostgresql, Tcl, Texinfo, Verilog, Vhdl, Xml, Xorg, Xslt, Xul, 
    Yacc, Yaml 
Copyright (C) 2006-2013 John MacFarlane 
Web: http://johnmacfarlane.net/pandoc 
This is free software; see the source for copying conditions. There is no 
warranty, not even for merchantability or fitness for a particular purpose. 

我怎样才能使R于Linux Mint的认识pandoc？（我是Linux新手）

Answer 1

我也遇到过这个问题。我也通过cabal安装了pandoc。如果您通过apt-get安装，则不应该存在问题。如果我从终端发起R，我没有任何问题，但试图从RStudio中检测到pandoc给出了一些麻烦。原因是RStudio不能读取你的bash环境变量，所以如果你修改.bashrc中的路径，RStudio不会检测到这个。解决方案是通过.profile修改路径。

添加到您的.profile文件的底部，并删除路径modfication在你的.bashrc文件，你应该能够在R从认识pandoc

if [ -d "$HOME/.cabal/bin" ] ; then 
    PATH="$PATH:$HOME/.cabal/bin" 
fi 

Answer 2

这是我脑子里想。我删除了html5函数中的所有其他东西，只是为了看看它会返回什么，并给出我思考过程的一般概念：

首先，创建一个函数，该函数将计算Pandoc的安装位置。如果多个位置匹配（最有可能是“pandoc”和“〜/ .cabal/bin/pandoc”），那么如果正确检测到路径，它将只选择第一个选项。

wheresPandoc <- function() { 
    myPaths <- c("pandoc", 
       "~/.cabal/bin/pandoc", 
       "~/Library/Haskell/bin", 
       "C:\\PROGRA~1\\Pandoc\\bin\\pandoc.exe") 
    temp <- Sys.which(myPaths) 
    temp <- names(temp[temp != ""])[1] 
    if (is.na(temp)) stop("Pandoc not installed in one of the typical locations") 
    else temp 
} 

自身运行该功能看起来像这样：

wheresPandoc() 
# [1] "~/.cabal/bin/pandoc" 

所以，你可以使用的，输出在html5功能来构建你的system“行动”。

html5 <- function(in.file = NULL, out.file = NULL) { 
    action <- paste0(wheresPandoc(), 
        " -s -S -i -t dzslides --mathjax ", 
        in.file, " -o ", out.file) 
    action 
} 

html5(in.file = "this.txt", out.file = "that.html") 
# [1] "~/.cabal/bin/pandoc -s -S -i -t dzslides --mathjax this.txt -o that.html" 

---

这可能是过于复杂的事情，但如果你认为你的用户是精通技术或谁在有趣的位置安装程序的用户的类型（记住，他们安装它们），你可以考虑将wheresPandoc更改为以下内容。我已经评论过典型的小憩地点，所以你可以看到它是如何工作的。

wheresPandoc <- function() { 
    myPaths <- c("pandoc", 
    #   "~/.cabal/bin/pandoc", 
       "~/Library/Haskell/bin", 
       "C:\\PROGRA~1\\Pandoc\\bin\\pandoc.exe") 
    temp <- Sys.which(myPaths) 
    temp <- names(temp[temp != ""])[1] 
    if (is.na(temp)) { 
    ans <- readline("Pandoc not installed in one of the typical locations.\n 
        Do you know where Pandoc is installed? (y/n) ") 
    if (ans == "y") temp <- readline("Enter the (unquoted) path to Pandoc: ") 
    else if (ans == "n") stop("Pandoc not installed or not found.") 
    } 
    temp 
} 

在我的系统上，运行它看起来像这样。对于第一个问题，我回答“是”，然后它要求我指定Pandoc的不加引号的路径，并使用它来构建您的system调用。

> html5(in.file = "this.txt", out.file = "that.html") 
Pandoc not installed in one of the typical locations. 

Do you know where Pandoc is installed? (y/n) y 
Enter the (unquoted) path to Pandoc: ~/.cabal/install/pandoc 
[1] "~/.cabal/install/pandoc -s -S -i -t dzslides --mathjax this.txt -o that.html" 

我知道就干脆关机，如果他们看到了这样的问题，但最让我知道将R的用户是一点点技术为导向的，所以他们可能不会被它吓得大多数普通用户。