Pearson相关

Question

我有一个数据帧如下：

x <- data.frame(Name=c("a", "b","c", "d", "e"),A=(1:5), B=(2:6), C=(7:11), D=c(1,1,1,1,1)) 

我想包括的所有皮尔森系数对B，A对C，A对d，A对E，B Vs的一个数据帧，b对c，b对d，b对e ....等（不包括自我比较，即aa，bb等）。

为了话，我想改变下列数据帧

  A B C D 
a 1 2 7 1 
b 2 3 8 1 
c 3 4 9 1 
d 4 5 10 1 
e 5 6 11 1 

一个结果数据帧像这样

a b 0.989143436 
a c 0.963282002 
a d 0.93048421 
a e 0.89585579 
b c 0.9922798 
b d 0.974216034 
b e 0.951427811 
c d 0.994675789 
c e 0.982264673 
d e 0.996357429 

请好心指示这样做的有效方式。

编辑

感谢Michaelv2的帮助。

基于建议的代码，我发现的结果如下：

X1 X2 value 
1 A A  1 
2 B A  1 
3 C A  1 
4 D A NA 
5 A B  1 
6 B B  1 
7 C B  1 
8 D B NA 
9 A C  1 
10 B C  1 
11 C C  1 
12 D C NA 
13 A D NA 
14 B D NA 
15 C D NA 
16 D D  1 

错误消息是“ 警告消息： 在COR（X [2：5]，方法= ”皮尔森“ ）：标准偏差为零“

在我看来，我可能误用了代码，你能否请进一步指示如何进一步解决这个问题？谢谢。

Answer 1

您可以使用类似以下内容：

require(reshape) 

y <- as.data.frame(t(x[2:5]), stringsAsFactors=FALSE) 
colnames(y) <- x[[1]] 

yrho <- melt(cor(y, method="pearson")) 
subset(yrho, yrho$X1 != yrho$X2) 

结果：

X1 X2  value 
2 b a 0.9891434 
3 c a 0.9632820 
4 d a 0.9304842 
5 e a 0.8958558 
6 a b 0.9891434 
8 c b 0.9922798 
9 d b 0.9742160 
10 e b 0.9514278 
11 a c 0.9632820 
12 b c 0.9922798 
14 d c 0.9946758 
15 e c 0.9822647 
16 a d 0.9304842 
17 b d 0.9742160 
18 c d 0.9946758 
20 e d 0.9963574 
21 a e 0.8958558 
22 b e 0.9514278 
23 c e 0.9822647 
24 d e 0.9963574