如何修改GenBank记录的序列？

我想要做的是在基因组文件中将所有非推定的GenBank记录序列制成小写字母。如何修改GenBank记录的序列？

到目前为止，我设法获得gbk中蛋白质的开始和结束位置。从那里我做到以下几点：

start = feature.location.nofuzzy_start 
end = feature.location.nofuzzy_end 
gb_record.seq[start:end]

现在我已经在基因组序列的开始和结束位置。但是，我如何修改基因组文件？ gb_record.seq[start:end].lower()或类似的东西没有伎俩。

当我指定gb_record.seq = gb_record.seq[start:end].lower时，我更换基因组文件时显然出错。有任何想法吗？

来源

2012-03-12 Jasper

解决方案：找到了解决办法，但不是一个真正的biopython解决方案。首先将genome.seq文件放入基因组字符串文件中。基因组= STR（gb_record.seq）然后同时通过gb_record.featers去开始= feature.location.nofuzzy_start 端= feature.location.nofuzzy_end 上部=基因组中[开始：结束] 低级=基因组[开始：结束] .lower（） genome = genome.replace（upper，lower）.......对不起格式化，但我不能给自己解决方案（不允许） – Jasper 2012-03-12 10:07:52

Bio.Seq.Seq对象有一个lower()方法，可以做你想要的。

工作了你的代码，你会得到：

seq_lower = gb_record.seq.lower()

然后，您应该能够使用SeqIO模块写出来的小写字母序列文件。

from Bio import SeqIO 

with open("example.fasta", 'w') as handle: 
    SeqIO.write(lower_records, handle, 'fasta')

来源

2012-04-01 22:08:39

如何修改GenBank记录的序列？

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