R中的相关矩阵的绘图如Excel中的示例

Question

我一直试图尽量减少使用Excel来支持R，但是在显示简单数据单元时，我仍然陷入了困境，因为它通常需要作为最后一步一个分析。下面的例子是我想要破解的，因为它可以帮助我在工作流程的关键部分切换到R。

我想说明中的R以下相关矩阵：

matrix_values <- c(
    NA,1.54,1.63,1.15,0.75,0.78,1.04,1.2,0.94,0.89, 
    17.95,1.54,NA,1.92,1.03,0.78,0.89,0.97,0.86,1.27, 
    0.95,25.26,1.63,1.92,NA,0.75,0.64,0.61,0.9,0.88, 
    1.18,0.74,15.01,1.15,1.03,0.75,NA,1.09,1.03,0.93, 
    0.93,0.92,0.86,23.84,0.75,0.78,0.64,1.09,NA,1.2, 
    1.01,0.85,0.9,0.88,30.4,0.78,0.89,0.61,1.03,1.2, 
    NA,1.17,0.86,0.95,1.02,17.64,1.04,0.97,0.9,0.93, 
    1.01,1.17,NA,0.94,1.09,0.93,17.22,1.2,0.86,0.88, 
    0.93,0.85,0.86,0.94,NA,0.95,0.96,24.01,0.94,1.27, 
    1.18,0.92,0.9,0.95,1.09,0.95,NA,1.25,21.19,0.89, 
    0.95,0.74,0.86,0.88,1.02,0.93,0.96,1.25,NA,18.14) 
cor_matrix <- matrix(matrix_values, ncol = 10, nrow = 11) 

item_names <- c('Item1','Item2','Item3','Item4','Item5', 
       'Item6','Item7','Item8','Item9','Item10') 
colnames(cor_matrix) <- item_names 
rownames(cor_matrix) <- c(item_names, "Size") 

细胞应该根据它们的等级进行着色（例如> 95百分位是完全绿色，< 5百分位是完全红色）。最后一行应该用水平条表示（表示最大值的分数）。

我已经在Excel制成，我想输出有：

理想情况下，我也想强调相关组（手动或通过脚本），如以下说明：

Answer 1

下面是使用基本图形的方法：

par(mar=c(1,5,5,1)) 
plot.new() 
plot.window(xlim=c(0,10), ylim=c(0,11)) 

quant_vals <- findInterval(cor_matrix[-11,], 
    c(-Inf, quantile(cor_matrix[-11,], c(0.05, 0.25, 0.45, 0.55, 0.75, 0.95), na.rm=TRUE), 
      Inf)) 
quant_vals[ is.na(quant_vals) ] <- 4 
cols <- c('#ff0000','#ff6666','#ffaaaa','#ffffff','#aaffaa','#66ff66','#00ff00') 
colmat <- matrix(cols[quant_vals], ncol=10, nrow=10) 

rasterImage(colmat, 0, 1, 10, 11, interpolate=FALSE) 
for(i in seq_along(cor_matrix[11,])) { 
    rect(i-1, 0.1, i-1 + cor_matrix[11,i]/max(cor_matrix[11,]), 0.9, col='lightsteelblue3') 
} 

text(col(cor_matrix)-0.5, 11.5-row(cor_matrix), cor_matrix, font=2) 
rect(0,1,10,11) 
rect(0,0,10,1) 
axis(2, at=(11:1)-0.5, labels=rownames(cor_matrix), tick=FALSE, las=2) 
axis(3, at=(1:10)-0.5, labels=colnames(cor_matrix), tick=FALSE, las=2) 

rect(0,8,3,11, lwd=2) 
rect(4,4,7,7, lwd=2) 
rect(8,1,10,3, lwd=2) 

Answer 2

您的相关矩阵有几个大于1的值，这是不可能的。不过，无论如何......

试试这个

library(reshape2) 
dat <- melt(cor_matrix[-11, ]) 

library(ggplot2) 
p <- ggplot(data = dat, aes(x = Var1, y = Var2)) + 
    geom_tile(aes(fill = value), colour = "white") + 
    geom_text(aes(label = sprintf("%1.2f",value)), vjust = 1) + 
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue") 

print(p)

Answer 3

Myaseen208对答案一个良好的开端。我想我会填写更多的部分：获取您指定的红色/绿色的颜色渐变，翻转Y轴的顺序，并清除其他几个点（灰色背景和图例）。

library("reshape2") 
library("ggplot2") 

cor_dat <- melt(cor_matrix[-11,]) 
cor_dat$Var1 <- factor(cor_dat$Var1, levels=item_names) 
cor_dat$Var2 <- factor(cor_dat$Var2, levels=rev(item_names)) 
cor_dat$pctile <- rank(cor_dat$value, na.last="keep")/sum(!is.na(cor_dat$value)) 

ggplot(data = cor_dat, aes(x = Var1, y = Var2)) + 
    geom_tile(aes(fill = pctile), colour = "white") + 
    geom_text(aes(label = sprintf("%1.1f",value)), vjust = 1) + 
    scale_fill_gradientn(colours=c("red","red","white","green","green"), 
         values=c(0,0.05,0.5,0.95,1), 
         guide = "none", na.value = "white") + 
    coord_equal() + 
    opts(axis.title.x = theme_blank(), 
     axis.title.y = theme_blank(), 
     panel.background = theme_blank()) 

编辑：

现在试图让在底部的蓝色大小酒吧。

尺寸条的难点在于它们是与相关矩阵完全不同的数据表示。所以我会先尝试把这个部分分开，然后把它们放在一起。

与cor数据一样，首先从矩阵中提取大小数据，然后转换为具有有用值的data.frame，其中包括总数的一部分。

size_dat <- melt(cor_matrix[11,,drop=FALSE]) 
size_dat$Var2 <- factor(size_dat$Var2, levels=item_names) 
size_dat$frac <- size_dat$value/max(size_dat$value) 

ggplot(data=size_dat, aes(x=Var2, y=Var1)) + 
    geom_blank() + 
    geom_rect(aes(xmin = as.numeric(Var2) - 0.5, 
       xmax = as.numeric(Var2) - 0.5 + frac), 
      ymin = -Inf, ymax = Inf, fill="blue", color="white") + 
    coord_equal() + 
    opts(axis.title.x = theme_blank(), 
     axis.title.y = theme_blank(), 
     panel.background = theme_blank()) 

的geom_rect调用使用一些技巧诸如使用分类（离散的）变量的数值表示仔细定位的东西。每个“项目”从0.5下降到0.5以上。因此矩形的左边缘在项目值的下方为0.5，右边缘的右边缘为frac。对于y限制，使用Inf和-Inf表示转到绘图极值。这给

我们试图把它们放在一起。x尺度是常见的，并且y尺度可以变得通用（尽管不相交）。玩关卡和订单是必要的。另外，我将x和y翻转（原来是对称的，这很好）。由于数据集的提取和格式稍有不同，我已将其重命名。

cor_dat2 <- melt(cor_matrix[-(nrow(cor_matrix),]) 
cor_dat2$Var1 <- factor(cor_dat$Var1, levels=rev(c(item_names, "Size"))) 
cor_dat2$Var2 <- factor(cor_dat$Var2, levels=item_names) 
cor_dat2$pctile <- rank(cor_dat$value, na.last="keep")/sum(!is.na(cor_dat$value)) 

size_dat2 <- melt(cor_matrix["Size",,drop=FALSE]) 
size_dat2$Var1 <- factor(size_dat$Var1, levels=rev(c(item_names, "Size"))) 
size_dat2$Var2 <- factor(size_dat$Var2, levels=item_names) 
size_dat2$frac <- size_dat$value/max(size_dat$value) 

ggplot(data = cor_dat2, aes(x = Var2, y = Var1)) + 
    geom_tile(aes(fill = pctile), colour = "white") + 
    geom_text(aes(label = sprintf("%1.1f",value))) + 
    geom_rect(data=size_dat2, 
      aes(xmin = as.numeric(Var2) - 0.5, 
       xmax = as.numeric(Var2) - 0.5 + frac, 
       ymin = as.numeric(Var1) - 0.5, 
       ymax = as.numeric(Var1) + 0.5), 
      fill="lightblue", color="white") + 
    geom_text(data=size_dat2, 
      aes(x=Var2, y=Var1, label=sprintf("%.0f", value))) + 
    scale_fill_gradientn(colours=c("red","red","white","green","green"), 
         values=c(0,0.05,0.5,0.95,1), 
         guide = "none", na.value = "white") + 
    scale_y_discrete(drop = FALSE) + 
    coord_equal() + 
    opts(axis.title.x = theme_blank(), 
     axis.title.y = theme_blank(), 
     panel.background = theme_blank()) 

这最后的版本不认为它是一个额外的行中的10×10的相关性。它可以是任何数字。 cor_matrix必须具有正确的名称（并且“大小”必须是最后一行）并且item_names必须包含项目列表。不过，这并不必须是10