带有字母的氨基酸频率直方图

Question

我试图在肽库中获取氨基酸组成和频率的图形视图。

我知道如何创建一个基本的直方图有R，但我经常看到这样的plot in publication

我能做到有R类似的东西？

Answer 1

这种类型的数字通常使用WebLogo或类似软件生成。

有一个R wrapper for WebLogo。这是几岁，我不知道它有多好。

也有ggseqlogo（更近期，看起来不错）和在Bioconductor包，seqLogo;我不知道后者是否处理肽。