我有一个通过condas安装R的环境（我目前使用R和jupyter笔记本，所以这在一点上是有意义的）。我想用dada2与此版本R.将dada2安装到通过condas安装的R的一个版本中
的按本网站https://anaconda.org/bioconda/bioconductor-dada2正确的命令来做到这一点是
conda install -c bioconda bioconductor-dada2
这给了我下面的错误
读取行包装的元数据。 ............ 解决包装规格：。
UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict: - bioconductor-dada2 -> bioconductor-biostrings >=2.32.1 -> bioconductor-biocgenerics >=0.15.6 -> r 3.3.1* -> r-base 3.3.1 - r-glue Use "conda info " to see the dependencies for each package.
如果我运行conda info package r-glue我可以看到它取决于r-base 3.4.1。
替代做法也行不通：
我也尝试进入R和从那里安装，但我不能让任何软件包与R程序包安装
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("dada2")
给我一个非常长的输出，但缺点是一堆依赖返回错误
ERROR: compilation failed for package ‘RcppParallel’ * removing ‘/home/jacob/anaconda3/lib/R/library/RcppParallel’ ERROR: dependency ‘S4Vectors’ is not available for package ‘IRanges’ * removing ‘/home/jacob/anaconda3/lib/R/library/IRanges’ ERROR: dependencies ‘S4Vectors’, ‘IRanges’, ‘matrixStats’ are not available for package ‘DelayedArray’
和n多东西，并在年底
错误：依赖 'Biostrings'， 'ShortRead'， 'RcppParallel' 不适用于包 'dada2' *删除一个“/ home /雅各布/ anaconda3/lib中/ R /库/ dada2'
The downloaded source packages are in ‘/tmp/Rtmptx8OqE/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Making 'packages.html' ... done Old packages: 'curl', 'dplyr', 'foreign', 'haven', 'httpuv', 'mgcv', 'purrr', 'Rcpp', 'TTR', 'xts' Update all/some/none? [a/s/n]:
然后所有的更新都失败了。
正确的答案是不要尝试在R中使用dada2与condas，而只是使用condas独立版本的R，或者有一些我失踪的方法？
我在ubuntu linux 16.04和conda 3.2.23版本上运行R版本3.4.1，这是值得的。