匹配的正则表达式（蟒蛇）

Question

对于这样一个序列：

NM_001003443 CHR11 + 5925152 5926098 5925152 5926098 2 5925152,5925652，5925404,5926098，

我想，看起来像下面的信息线（未剪切，这意味着存在一个参数是sys.argv '-S'）：

>NM_00100343|chr11(+):5925152Z5926098

或（剪接，没有 '-S' 在sys.argv中）：

>NM_00100343|chr11(+):5925152Z5926098|5925151Z5925404,5925652Z5926098

我试图做到这一点，但不断收到不正确的匹配，有人看我的正则表达式，看看它看起来和/或正确匹配？

我已经写：

p值=“（NM_ \ d +）\ S +（CHR \ d +）\ S +（[+ | - ]）\ S +（\ d +）\ S +（\ d +）\ S + （\ d +）\ s +（\ d +）\ s +（\ d +）\ s +（\ d +），（\ d +），\ s +（\ d +），（\ d +），'

并试图匹配他们通过（该文件中的每一行看起来像上面给出的，由FP打开=打开（INFILE行例子，“R”）：

for line in fp: 
    r = search(p, line) 
    if '-s' in sys.argv and r: 
     wp.write('>'+r.group(1)+'|'+r.group(2)+'('+r.group(3)+')'+':'+r.group(4)+'-'+r.group(5)) 
    else: 
     wp.write('>'+r.group(1)+'|'+r.group(2)+'('+r.group(3)+')'+':'+r.group(4)+'-'+r.group(5)+'|'+r.group(6)+'-'+r.group(11)+','+r.group(9)+'-'+r.group(12)) 

编辑，这是否显示正确

for line in fp: 
    line = line.replace(',',' ') 
    tokens = line.split() 
    if '-s' in sys.argv and r: 
     wp.write('>'+tokens[0]+'|'+tokens[1]+'('+tokens[2]+')'+':'+tokens[3]+'-'+tokens[4]) 
    else: 
     wp.write('>'+tokens[0]+'|'+tokens[1]+'('+tokens[2]+')'+':'+tokens[3]+'-'+tokens[4]+'|'+tokens[5]+'-'+tokens[10]+','+tokens[8]+'-'+tokens[11]) 

Answer 1

您需要的所有数据都用空格或逗号分隔，所以根本不需要正则表达式。

mystring = mystring.replace(',', ' ') # convert all commas to spaces 
tokens = mystring.split() # split at spaces 

如果要坚持一个正则表达式，有一些错别字。这是正确的REGEXT： p = '(NM_\d+)\s+(chr\d+)\s+([+|-])\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+),(\d+),\s+(\d+),(\d+),'

1. [+-]没有括号和|
2. 失踪(chr\d+)
3. 缺少术语,s+(\对正则表达式