合并列表问题

Question

对不起，但问题不容易压缩成一个句子...

我有两个重叠群列表（list1和list2）。它们大多含有独特的重叠群，但有一些重叠。我想比较list1和list2，然后创建一个列表3，其中包含list1中的所有重叠群减去也存在于list2中的所有重叠群。使用简单的cat/paste/grep/sort/uniq类批处理命令可以实现吗？

谢谢！

Answer 1

你可以sort和uniq做到这一点：

sort list1 list2 list2 | uniq -u 

在list2中的任何线将出现在排序的输出中至少两次，因此将被uniq过滤器过滤

Answer 2

看看在Iesi.Collections库，也请参考文章在CodeProject http://www.codeproject.com/KB/recipes/sets.aspx#xx703510xx

Answer 3

尝试comm -23

例子（第一个列表：编号1-10，第二个列表包含数字5-8）

comm -23 <(seq 1 10) <(seq 5 8)

的假设是，你的列表1和列表2排序

Answer 4

你没有表现出任何的样品关于你的名单的数据，所以我做了。假设

$ cat file1 
11 
12 
5 
13 
7 
14 
15 

$ cat file2 
6 
7 
8 
5 
4 
1 

$ awk 'FNR==NR { a[$0]; next } (! ($0 in a)) ' file2 file1 
11 
12 
13 
14 
15 

如果不是你想要的，你的名单范例和所需输出

Answer 5

我也是在生物信息学和基因组学工作的描述更加清楚。

如果你真的想得到uniq contig序列，你最好使用python或perl来使这个问题重叠/ mismacth线程！

来自中国深圳BGI的GentleYang :)