igraph不显示我导入的正确网络

我想运行一些sna分析。我使用RStudio和igraph Package。我的输入数据来自一个文本文件（由excel创建为一个制表符分隔的文本文件）。数据文件有3列。第一行和第二行是网络数据（顶点），第三行是每个边的权重。我用看起来像这样机场连接的数据：igraph不显示我导入的正确网络

1 54 28382（机场ID产地机场/机场ID目的地机场/男乘客数作为重量）

予装载有这些命令ID：

USAN_num1 <- read.table('USAN_num.txt', header=T) 
USAN_g_num1 <- graph.data.frame(USAN_num1) 
> summary(USAN_g_num1) 
Vertices: 626 
Edges: 7078 
Directed: TRUE 
No graph attributes. 
Vertex attributes: name. 
Edge attributes: PAX.

数据是这样的：

ORIGN DESTN PAX 
1  1 604 646 
2  2 42 3736 
3  2 118 5189

我们所发生的问题：我的6个不同的集群网络consints Wh是我用igraph检查它。即使当我创建我的网络图形图片时，它也有6个分离的部分。这完全没有意义，因为我的数据应该连接到一个网络。我检查了我的数据集，并且确实没有不同的子网络。

这里是集群的特点，我得到：在一小簇

$csize 
[1] 5 608 2 4 5 2 

$no 
[1] 6

一个顶点，甚至应该被连接到许多人，而不仅仅是1以外的庞大机场...

UPDATE ：我现在更新到最新的igraph版本，但它仍然无法正常工作。我上传了我的数据的一个模范部分作为一个.txt文件在这里：USAN_numS.txt

如果有人对我做错了什么有一个想法会很好。谢谢

来源

2013-03-27 SWR

如果你没有提供可重复的例子，要说出你做错了什么是很难的。顺便说一句。你正在使用一个相当古老的igraph版本。 – 2013-03-27 13:37:56

@GaborCsardi谢谢。我更新了我的文章链接到数据文件，我也更新了我的igraph版本到最新的一个。如果你能帮助我，那会很棒。 – SWR 2013-03-27 14:26:56

igraph是正确的，我认为混乱是graph.data.frame为您的顶点分配符号名称，它们与您的内部顶点ID不同。像这样创建你的图表：'USAN_g_num1 < - graph.data.frame（USAN_num1，vertices = data.frame（id = 1：max（USAN_num1 [，1：2]）））'然后你符号名称与数字ID匹配。我会添加更详细的答案，但现在没有时间。 – 2013-03-27 14:42:01

所以，正如我在上面所说的，在我的评论中，一个可能的混淆之处是你的图形具有象征性的顶点名称，它们实际上是数字并且与igraph的顶点ID不匹配。解决方法是删除顶点名称，或者在创建图形时明确指定它们，以便它们匹配igraph顶点ID。

但你的图真的有多个组件，请看下面的代码，在那里我在原来的表检查，这两个顶点仅在表中恰好出现一次，而他们自己形成的两个组成部分。

也许网络真有多个组件，或者有该文件中的错误。

library(igraph) 
USAN_num1 <- read.table('USAN_numS.txt', header=T) 
USAN_g_num1 <- graph.data.frame(USAN_num1, 
        vertices=data.frame(id=1:max(USAN_num1[,1:2])))  
clu <- clusters(USAN_g_num1) 
clu$csize 
## [1] 5 607 2 4 5 1 2 1 
## The '1's appear because we counted the vertices that are 
## not in the table 

## Third component has two vertices only, let's check them in the 
## original table 
which(clu$membership == 3) 
## [1] 64 617 

## List the table rows where any of these two appear 
USAN_num1[ USAN_num1[,1] %in% c(64, 617) | USAN_num1[,1] %in% c(64, 617), ] 
##  ORIGN DESTN PAX 
## 691 64 617 636

来源

2013-03-31 00:39:58

谢谢！现在我明白为什么我有这些不同的群集。 – SWR 2013-03-31 09:05:28

igraph不显示我导入的正确网络

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