2015-10-06 154 views
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我使用以下shell脚本在集群上运行模拟。变量未在shell脚本中识别

#PBS -N 0.05_0.05_m_1_200k 
    #PBS -l nodes=1:ppn=1,pmem=1000mb 
    #PBS -S /bin/bash 
    #$ -m n 
    #$ -j oe 


    FOLDER= 0.57 

    WDIR=/home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER 

    cd /home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER 

    LAMBDA= 0.05 

/home/durba/gmx455/bin/mdrun -np 1 -deffnm md0.05 -v 

############################ 

现在我的问题是,我的脚本不能识别变量文件夹,并抛出一个错误

 couldn't find md0.05.tpr 

其存在的文件夹中。如果我在$文件夹的位置写入0.57,它工作正常,这让我觉得它不能识别变量FOLDER。 LAMBDA在这两种情况下都是完美的认可。如果有人能帮助我,我会很感激。

回答

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有不应该是=,你要分配给该变量的值之间的空间:

FOLDER="0.57" 

WDIR="/home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER" 

cd "/home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER" 

LAMBDA="0.05" 

/home/durba/gmx455/bin/mdrun -np 1 -deffnm md0.05 -v 

############################ 

所有双引号""我加入不是绝对必要的这个例子,但它是好的做法来使用它们。

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它的工作表示感谢。 –