如何在R或Python中创建一个sunburst图？

Question

到目前为止，我一直无法找到可以创建类似于John Stasko的Sunburst情节的R库。任何人都知道如何在R或Python中实现这个目标？

Answer 1

使用matplotlib棒极投影旭日图的

Python版本：

import numpy as np 
import matplotlib.pyplot as plt 

def sunburst(nodes, total=np.pi * 2, offset=0, level=0, ax=None): 
    ax = ax or plt.subplot(111, projection='polar') 

    if level == 0 and len(nodes) == 1: 
     label, value, subnodes = nodes[0] 
     ax.bar([0], [0.5], [np.pi * 2]) 
     ax.text(0, 0, label, ha='center', va='center') 
     sunburst(subnodes, total=value, level=level + 1, ax=ax) 
    elif nodes: 
     d = np.pi * 2/total 
     labels = [] 
     widths = [] 
     local_offset = offset 
     for label, value, subnodes in nodes: 
      labels.append(label) 
      widths.append(value * d) 
      sunburst(subnodes, total=total, offset=local_offset, 
        level=level + 1, ax=ax) 
      local_offset += value 
     values = np.cumsum([offset * d] + widths[:-1]) 
     heights = [1] * len(nodes) 
     bottoms = np.zeros(len(nodes)) + level - 0.5 
     rects = ax.bar(values, heights, widths, bottoms, linewidth=1, 
         edgecolor='white', align='edge') 
     for rect, label in zip(rects, labels): 
      x = rect.get_x() + rect.get_width()/2 
      y = rect.get_y() + rect.get_height()/2 
      rotation = (90 + (360 - np.degrees(x) % 180)) % 360 
      ax.text(x, y, label, rotation=rotation, ha='center', va='center') 

    if level == 0: 
     ax.set_theta_direction(-1) 
     ax.set_theta_zero_location('N') 
     ax.set_axis_off() 

例，该功能如何使用：

data = [ 
    ('/', 100, [ 
     ('home', 70, [ 
      ('Images', 40, []), 
      ('Videos', 20, []), 
      ('Documents', 5, []), 
     ]), 
     ('usr', 15, [ 
      ('src', 6, [ 
       ('linux-headers', 4, []), 
       ('virtualbox', 1, []), 

      ]), 
      ('lib', 4, []), 
      ('share', 2, []), 
      ('bin', 1, []), 
      ('local', 1, []), 
      ('include', 1, []), 
     ]), 
    ]), 
] 

sunburst(data) 

Answer 2

只有一对夫妇，我知道图书馆是这样做本身：

• 的Javascript Infovis Toolkit（JIT）（example）。
• D3.js
• OCaml's Simple Plot Tool（SPT）。

这些都不是在Python或R，但获得一个Python/R脚本来写出一个简单的JSON文件，可以通过任何一个JavaScript库加载应该是相当实现的。

Answer 3

您可以使用ggplot2包中的geom_tile沿着sunburst图的线创建一些东西。我们首先创建一些随机数据：

require(ggplot2); theme_set(theme_bw()) 
require(plyr) 
dat = data.frame(expand.grid(x = 1:10, y = 1:10), 
       z = sample(LETTERS[1:3], size = 100, replace = TRUE)) 

然后创建栅格图。在这里，图中的x轴被耦合到dat中的x变量，y轴变为y变量，并且将像素填充到z变量。这产生了以下情节：

p = ggplot(dat, aes(x = x, y = y, fill = z)) + geom_tile() 
print(p) 

的ggplot2包支持各种坐标变换，其中一个带有一个轴和项目它在一个圆圈，即极坐标：

p + coord_polar() 

这大致做你所需要的，现在你可以调整dat以获得所需的结果。

Answer 4

这个包叫ggsunburst。可悲的是不在CRAN中，但您可以按照网站上的说明进行安装：http://genome.crg.es/~didac/ggsunburst/ggsunburst.html。

希望它可以帮助的人谁仍然在寻找一个好的包装是这样的。

问候，

Answer 5

你甚至可以很容易地有R现在建立一个互动版：

# devtools::install_github("timelyportfolio/sunburstR") 

library(sunburstR) 
# read in sample visit-sequences.csv data provided in source 
# https://gist.github.com/kerryrodden/7090426#file-visit-sequences-csv 
sequences <- read.csv(
    system.file("examples/visit-sequences.csv",package="sunburstR") 
    ,header=F 
    ,stringsAsFactors = FALSE 
) 

sunburst(sequences) 

...当你移动你的鼠标在它上面时，奇迹发生了：

编辑
这个包的官方网站可以在这里找到（很多例子！）：https://github.com/timelyportfolio/sunburstR

帽子提示@timelyportfolio创造了这段令人印象深刻的代码！

Answer 6

这里有一个ggplot2两层阳光。

其基本思想是为每个图层制作一个不同的条形，并且为外层增加条形。我也与X轴混淆，以确保内部饼图中间没有洞。因此，您可以通过改变宽度和x轴值来控制旭日形状的外观。

library(ggplot2) 

# make some fake data 
df <- data.frame(
    'level1'=c('a', 'a', 'a', 'a', 'b', 'b', 'c', 'c', 'c'), 
    'level2'=c('a1', 'a2', 'a3', 'a4', 'b1', 'b2', 'c1', 'c2', 'c3'), 
    'value'=c(.025, .05, .027, .005, .012, .014, .1, .03, .18)) 

# sunburst plot 
ggplot(df, aes(y=value)) + 
    geom_bar(aes(fill=level1, x=0), width=.5, stat='identity') + 
    geom_bar(aes(fill=level2, x=.25), width=.25, stat='identity') + 
    coord_polar(theta='y') 

唯一的缺点这相比旭日专用软件是它假设要外层是穷尽（即无缺口）。 “部分穷举”的外层（如其他一些例子）肯定是可能的，但更复杂。

为了完整起见，这里已被清除，以更好的格式和标签：

library(data.table) 

# compute cumulative sum for outer labels 
df <- data.table(df) 
df[, cumulative:=cumsum(value)-(value/2)] 

# store labels for inner circle 
inner_df <- df[, c('level1', 'value'), with=FALSE] 
inner_df[, level1_value:=sum(value), by='level1'] 
inner_df <- unique(text_df[, c('level1', 'level1_value'), with=FALSE]) 
inner_df[, cumulative:=cumsum(level1_value)] 
inner_df[, prev:=shift(cumulative)] 
inner_df[is.na(prev), position:=(level1_value/2)] 
inner_df[!is.na(prev), position:=(level1_value/2)+prev] 

colors <- c('#6a3d9a', '#1F78B4', '#33A02C', '#3F146D', '#56238D', '#855CB1', '#AD8CD0', '#08619A', '#3F8DC0', '#076302', '#1B8416', '#50B74B') 
colorNames <- c(unique(as.character(df$level1)), unique(as.character(df$level2))) 
names(colors) <- colorNames 

ggplot(df, aes(y=value, x='')) + 
    geom_bar(aes(fill=level2, x=.25), width=.25, stat='identity') + 
    geom_bar(aes(fill=level1, x=0), width=.5, stat='identity') + 
    geom_text(data=inner_df, aes(label=level1, x=.05, y=position)) + 
    coord_polar(theta='y') + 
    scale_fill_manual('', values=colors) + 
    theme_minimal() + 
    guides(fill=guide_legend(ncol=1)) + 
    labs(title='') + 
    scale_x_continuous(breaks=NULL) + 
    scale_y_continuous(breaks=df$cumulative, labels=df$level2, 5) + 
    theme(axis.title.x=element_blank(), axis.title.y=element_blank(), panel.border=element_blank(), panel.grid=element_blank())