如果我只有netcdf3工具，如何读取netcdf4数据？

1. 我的学校集群管理员说：如果我们加载netcdf4模块，那么我们就无法加载netcdf3模块。于是，他拒绝更新netcdf4
我有一个.nc文件，这是一个netcdf4文件，我想，我需要将其加载到R.
1. 在我们集群中的R上，只安装了RNetCDF包。它无法读取上述.nc文件。 ncdf4包不在那里。（我尝试安装它，它说，它需要的版本4的NetCDF库，当然我没有sudo）
在蟒蛇，（我不知道知道为什么）我可以加载netcdf4文件。我不知道我是否可以使用这个（它保存在创建NetCDF 3格式？）帮我加载R.

这样的数据，我应该怎么办？如果我只有netcdf3工具，如何读取netcdf4数据？

管理员不想切换到netcdf4模块，因此它似乎我（或他）不能R.
一些nc数据的安装包ncdf4直接从一些网站上下载，一些nc文件来自python中xarray包的输出（并且xarray的netcdf输出在版本4中）。

2016-11-17 breezeintopl

HDF5可以阅读netCDF4 ... –

感谢@DavidLeBauer！这有助于。我用google搜索这个帖子：https：//www.r-bloggers.com/working-with-hdf-files-in-r-example-pathfinder-sst-data/，它使用R中的rhdf5包来读取nc4文件。 – breezeintopl

使用xarray，您可以在调用to_netcdf时通过指定format='NETCDF3_CLASSIC'来控制保存的文件的版本。因此，一个简单的解决办法可能是使用xarray，例如，

ds = xarray.open_dataset(path) 
ds.to_netcdf(dest, format='NETCDF3_CLASSIC')

来源

2016-11-17 02:19:56 shoyer

好吧，我收到了一条错误消息：RuntimeError：NetCDF：一个或多个变量大小违反格式约束。所以，也许是因为数据集太大（5.2G）？ – breezeintopl

事实上，netCDF3是一种非常古老的（32位）文件格式 - 它在任何情况下都不支持大于4GB的可变大小。 – shoyer

谢谢！这是有帮助的，因为即使我可以使用上面的'rhdf5'包加载这些数据，时间（日期）缺失，只显示“0,1,2,3,4,5 ...”，它显示了一些像“使用64位而不会丢失信息”的错误... – breezeintopl

如果我只有netcdf3工具，如何读取netcdf4数据？

回答

相关问题