2017-08-03 152 views
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我对xarray中的时间变量有误解。我有时间既是无限的维度和变量netcdf4文件这样定义(如坐标变量):python xarray失去时间变量的单位属性

double time(time=59231); 
    :_Netcdf4Dimid = 0; // int 
    :units = "seconds since 2015-11-12 16:1:48.500000 0:00"; 

还有保存在文件中EPIC约定时间(因为我还在来回在此之间约定的测试代码)

int EPIC_time(time=59231); 
    :units = "True Julian Day"; 
    :epic_code = 624; // int 
    :datum = "Time (UTC) in True Julian Days: 2440000 = 0000 h on May 23, 1968"; 
    :NOTE = "Decimal Julian day [days] = time [days] + (time2 [msec]/86400000 [msec/day])"; 
    :_Netcdf4Dimid = 0; // int 
    :serial_number = "23881"; 
    :sensor_type = "TRDI"; 
    :sensor_depth = 10.367607116699219; // double 
    :initial_sensor_height = 1; // int 
    :initial_sensor_height_note = "height in meters above bottom: accurate for tripod mounted instruments"; 
    :height_depth_units = "m"; 
    :_FillValue = -1; // int 
    :_Unsigned = "true"; 

而且还有与仪器标题中有太多的变量:

float Hdg_1215(time=59231, lat=1, lon=1); 
    :_FillValue = 1.0E35f; // float 
    :units = "degrees"; 
    :name = "Hdg"; 

要打开文件,并用它,我做这项工作:

import xarray as xr 
import numpy as np 
import datetime as dt 
vars2omit = {'EPIC_time','EPIC_time2'} 
ds = xr.open_dataset(infile,decode_times=True,drop_variables=vars2omit) 

我可以绘制和处理数据。尽管有两个非常奇怪的行为,其解释将帮助我理解xarray的内部工作原理。

文件打开后,尝试访问时间变量(坐标时间变量)的单位属性失败。为什么?该属性在文件中。

print(ds['Hdg_1215'].attrs['units']) # this works 
print(ds['time'].attrs['units']) # this fails, KeyError: 'units' 

回答

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xarray自动解码它理解成坐标变量datetime64对象时间变量,所以具有units是不合适的。

如果告诉它decode_times=False,它不会创建datetime64对象,并为您留下一个简单的数字数组,其中需要使用units来解释这些值。

下面是一个例子:

import xarray as xr 
url ='http://geoport.whoi.edu/thredds/dodsC/usgs/data2/emontgomery/stellwagen/CF-1.6/ARGO_MERCHANT/1211P-A.cdf' 
xr.open_dataset(url) 

生产:

<xarray.Dataset> 
Dimensions:    (time: 10748) 
Coordinates: 
    latitude    float32 ... 
    longitude    float32 ... 
    * time     (time) datetime64[ns] 1977-01-08T11:33:44 ... 
    z      float64 ... 
Data variables: 
    feature_type_instance |S64 ... 
    crs     int32 ... 
... 

xr.open_dataset(url, decode_times=False) 

生产:

<xarray.Dataset> 
Dimensions:    (time: 10748) 
Coordinates: 
    latitude    float32 ... 
    longitude    float32 ... 
    * time     (time) float64 2.216e+08 2.216e+08 2.216e+08 ... 
    z      float64 ... 
Data variables: 
    feature_type_instance |S64 ... 
    crs     int32 ...