Python错误;使用os.walk找不到文件

Question

在我当前的工作目录中，我运行我的python脚本，我有多个子目录，它们都包含'genes.faa.genespercontig.csv'文件。我想创建这些文件的熊猫数据框。

当我运行我的脚本，我得到的错误：

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'C:\\Users\\KLIF\\Documents\\Linda\\genes.faa.genespercontig.csv\\r' 

我的脚本如下：

import os 
import pandas as pd 

for root, dirs, files in os.walk(os.getcwd()): 
    with open(os.path.join(root, 'genes.faa.genespercontig.csv', 'r')) as f1: 
     df1 = pd.read_csv('f1', header=None, delim_whitespace=True, names = ["contig", "genes"]) 
     print(df1) 

我确信，该​​文件是在德子目录，但为什么蟒蛇找不到？

Answer 1

除非“r”是名为“genes.faa.genespercontig.csv”的目录中的文件，否则语法错误很简单。你需要括号稍微调整：

... 
with open(os.path.join(root, 'genes.faa.genespercontig.csv'), 'r') as f1: 
... 

此外，考虑到你说的文件包含子目录内，你可能需要由os.walk函数返回的dirs变量中遍历子目录。我注意到你使用字符串'f1'传递给pd.read_csv，但想必你想要打开的文件对象。喜欢的东西：

import os 
import pandas as pd 

for root, dirs, files in os.walk(os.getcwd()): 
    for subdir in dirs: 
     with open(os.path.join(root,subdir,'genes.faa.genespercontig.csv'),'r') as f1: 
      df1 = pd.read_csv(f1, header=None, delim_whitespace=True, names = ["contig", "genes"]) 
      print(df1) 

要只打开它实际上存在的文件的尝试，使用：

... 
filepath = os.path.join(root,subdir,'genes.faa.genespercontig.csv') 
if os.path.isfile(filepath): 
    with open(filepath, 'r') as f1: 
...