2016-05-12 682 views
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我在上使用R 3.3.0在Ubuntu 14.04上,并已成功安装包AffyReadAffy()花费太长

但是,当我设置CEL文件所在的目录(使用setwd())并给出命令cel1 <- ReadAffy()时,没有输出。我甚至没有去>的下一行。它根本不显示任何输出。

此外,Ctrl+CEsc也不会停止该过程。通常Esc适用于在我的系统上停止进程。屏幕截图如下:Screenshot of the problem

此外,当我尝试退出会话时,响应时间太长。什么导致这个问题,我该如何解决它?

编辑: 我只有3 CEL文件在文件夹中。

编辑#2: 我也将它应用于单个文件,但又花费了太多的时间。系统监视器屏幕截图: enter image description here 它需要大量的CPU和大量内存(以GB为单位)。是什么导致了这个问题?我正在使用一个简单的命令ReadAffy(filenames = "N54.CEL")。为什么会导致这个问题?任何建议都是有帮助的。有点绝望在这里。

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强制退出RStudio?另外,您可能需要在几个文件上计时,然后对整个文件读取所花费的时间进行估计。 – Gopala

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文件夹中只有3个CEL文件。它也不适用于单个文件。 (使用'filenames =')。此外,退出会话需要很长时间。我认为这是你强迫戒烟的意思? –

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是的,我意识到重新加载所有内容需要时间。我处理非常大的基因表达数据,并遇到挑战 - 主要是当系统耗尽内存,或者当我执行一些计算密集型的东西时,先不尝试在小集合上进行测试。不确定其他人可以在这一点上给你建议。远程调试很难。 – Gopala

回答

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原来文件本身存在一些问题。我从不同的来源获得该文件,并且它工作正常。