1
我在上使用R 3.3.0
在Ubuntu 14.04上,并已成功安装包Affy
。ReadAffy()花费太长
但是,当我设置CEL
文件所在的目录(使用setwd()
)并给出命令cel1 <- ReadAffy()
时,没有输出。我甚至没有去>
的下一行。它根本不显示任何输出。
此外,Ctrl+C
和Esc
也不会停止该过程。通常Esc
适用于在我的系统上停止进程。屏幕截图如下:
此外,当我尝试退出会话时,响应时间太长。什么导致这个问题,我该如何解决它?
编辑: 我只有3 CEL
文件在文件夹中。
编辑#2: 我也将它应用于单个文件,但又花费了太多的时间。系统监视器屏幕截图: 它需要大量的CPU和大量内存(以GB为单位)。是什么导致了这个问题?我正在使用一个简单的命令ReadAffy(filenames = "N54.CEL")
。为什么会导致这个问题?任何建议都是有帮助的。有点绝望在这里。
强制退出RStudio?另外,您可能需要在几个文件上计时,然后对整个文件读取所花费的时间进行估计。 – Gopala
文件夹中只有3个CEL文件。它也不适用于单个文件。 (使用'filenames =')。此外,退出会话需要很长时间。我认为这是你强迫戒烟的意思? –
是的,我意识到重新加载所有内容需要时间。我处理非常大的基因表达数据,并遇到挑战 - 主要是当系统耗尽内存,或者当我执行一些计算密集型的东西时,先不尝试在小集合上进行测试。不确定其他人可以在这一点上给你建议。远程调试很难。 – Gopala