我有一个动态二维数组,它是在连续的内存空间中分配的,但是如果我试图将这个数组分散到两个使用MPI_Scatter的MPI进程中将会导致分段错误,粘贴在这里:MPI_Scatter动态二维数组行导致分段错误
dynamic_2d_array.h
#ifndef _DYNAMIC_2D_ARRAY_H_
#define _DYNAMIC_2D_ARRAY_H_
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
//typedef double real;
typedef float real;
real **allocate_dynamic_2d_array(int nrows, int ncols);
void free_dynamic_2d_array(real** array_dynamic);
void print_matrix(real** array_dynamic, int nrows, int ncols, char* fmt_string);
real** allocate_dynamic_2d_array(int nrows, int ncols) {
/* here is the method to correct the non-contiguous memory problem */
int i;
real** array_dynamic=(real**)malloc(nrows*sizeof(real*));
real* data=(real*)malloc(nrows*ncols*sizeof(real));
for (i=0; i<nrows; i++){
array_dynamic[i]=&(data[ncols*i]);
}
return array_dynamic;
}
void free_dynamic_2d_array(real** array_dynamic){
free((void*)array_dynamic[0]);
free((void*)array_dynamic);
}
void print_matrix(real** array_dynamic, int nrows, int ncols, char* fmt_string) {
//void print_matrix(real array_dynamic[][4], int nrows, int ncols, char* fmt_string) {
int i,j;
for (i = 0; i < nrows; i++){
for (j = 0; j < ncols; j++){
printf(fmt_string, array_dynamic[i][j]);
}
printf("\n");
}
}
#endif // #ifndef _DYNAMIC_2D_ARRAY_H_
这里是scatter_mat.h:
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include "mpi.h"
#include "dynamic_2d_array.h"
int main(int argc, char ** argv)
{
MPI_Init(&argc, &argv);
int rank, psize, root = 0;
int i,j;
int ncols;
int M=48,N=3;
real *sub_mat;
real **A;
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &psize);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
if (rank==0) {
A = allocate_dynamic_2d_array(M,N);
printf("before scatter:\n");
int idx=0;
for (i=0;i<M;i++){
for (j=0;j<N;j++) {
A[i][j]=idx++;
printf("%4.1f\t",A[i][j]);
}
printf("\n");
}
}
ncols = M/psize;
sub_mat = (real*)malloc(N*ncols*sizeof(real));
MPI_Scatter(&(A[0][0]),N*ncols,MPI_FLOAT,sub_mat,N*ncols,MPI_FLOAT,root,MPI_COMM_WORLD);
for (i=0;i<ncols*N;i++)
printf("%3.1f\t",sub_mat[i]);
printf("\n");
if (rank==0) {
free_dynamic_2d_array(A);
}
free(sub_mat);
MPI_Finalize();
return 0;
}
如果我编译使用mpicc一个nd使用mpirun -np 2运行它,它会导致rank 1的分段错误,更让我困惑的是它使用调试模式(mpicc -g)很好,但是在释放模式下崩溃,我想必须有一些内存访问问题,但我无法弄清楚,有没有人可以提供一些建议?
下面是MPI编译器的信息:
$ mpiexec --version
mpiexec (OpenRTE) 1.6.2
Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/
$ mpicc -show
icc -I/usr/local/packages/openmpi/1.6.2/Intel-13.0.0/include -L/usr/local/packages/openmpi/1.6.2/Intel-13.0.0/lib -lmpi -ldl -lm -Wl,--export-dynamic -lrt -lnsl -libverbs -libumad -lpthread -lutil
非常感谢!
昨天晚上我发现它似乎MPI有一些问题驱散动态二维数组指针,所以目前的解决方法是在开始时通过定义一个“float * sendp;”来使用另一个float *指针指向A然后在'A = allocate_dynamic_2d_array(M,N);'后面添加'sendp =&(A [0] [0])',然后用MPI_Scatter中的sendp替换'&(A [0] [0])'至少不会返回分段错误。 –