Fisher精确测试在多个列上运行并将结果打印到单独的表中

我正在处理包含病例控制状态，参与者ID和每列SNP的基因型数据的数据框。Fisher精确测试在多个列上运行并将结果打印到单独的表中

caco ID  x132267464  x132270331 ... 
1  10125 0/1   0/0   ... 
2  10202 0/2   0/0   ... 
...

我希望运行的情况下的控制，碳酸钙（CaCO）和每个SNP基因型数据，一旦Fisher检验运行欲P值保存到一个单独的表中的Fisher精确检验。

因此，对于caco v x132267464的fisher测试，将p值和优势比打印到结果表的第1行，然后将p值和优势比打印到第2行，然后caco v x132270331等。

任何帮助，将不胜感激

来源

2015-07-10 Daniel Ford

你尝试过什么到目前为止，这个问题？如果您需要开始，可以尝试http://stats.stackexchange.com/questions/18558/fishers-exact-test-in-r。 – Simon

实际上设法解决我的代码看起来像这样

c <- 3 
i <- 1 
p <- 1 
data <- data.frame() 

while (i < 123) {  

    TAB <- table(acadfull$caco, acadfull[,c])  
    ANS <- fisher.test(TAB, conf.int=T) 


    c <- c+1 
    i <- i+1 
    p <- p+1 

    if (i==123) 
    break 

} 

write.csv(c(snp,pos,data),"indel_results", row.names=F)

来源

2015-07-10 05:20:29

Fisher精确测试在多个列上运行并将结果打印到单独的表中

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