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HDF5数据存储使用C约定，即如果我在二进制文件中存储矩阵A（N，M，K），则存储数据的最快变化维度将具有大小N.显然，当我使用HDF5的Fortran包装时，HDF5会自动转换矩阵，以便与C一致。我有一个存储在由fortran编写的未格式化二进制文件中的大小数据（256 x 128 x 256） 。我试图通过使用下面给出的程序将其转换成h5格式。但最终的输出结果是将存储矩阵的维数作为（128,256,256）。我不知道该怎么做才能确保最终的hd5文件可以在可视化软件（Paraview）中正确显示。HDF5用于用fortran编写的数据文件
PROGRAM H5_RDWT
USE HDF5 ! This module contains all necessary modules
IMPLICIT NONE
CHARACTER(LEN=6), parameter :: out_file = "out.h5" ! File name
CHARACTER(LEN=6), parameter :: in_file = "in.dat" ! File name
CHARACTER(LEN=4), parameter :: dsetname = "vort"! Dataset name
CHARACTER(LEN=50) :: len
INTEGER(HID_T) :: in_file_id ! File identifier
INTEGER(HID_T) :: out_file_id ! File identifier
INTEGER(HID_T) :: dset_id ! Dataset identifier
INTEGER(HID_T) :: dspace_id ! Dataspace identifier
INTEGER :: in_file_id = 23
INTEGER :: nx = 256, ny=128, nz=256
INTEGER(HSIZE_T), DIMENSION(3) :: dims ! Dataset dimensions
INTEGER :: rank = 3 ! Dataset rank
INTEGER :: error ! Error flag
INTEGER :: i, j, k, ii, jj, kk ! Indices
REAL, allocatable :: buff_r(:,:,:) ! buffer for reading from input file
dims(1) = nx
dims(2) = ny
dims(3) = nz
allocate(buff_r(nx,ny,nz))
! Read the input data.
open (in_file_id,FILE=in_file,form='unformatted',access='direct',recl=4*nx*ny*nz)
read (in_file_id,rec=1) buff_r
! Initialize FORTRAN interface of HDF5.
CALL h5open_f(error)
! Create a new file.
CALL h5fcreate_f (out_file, H5F_ACC_TRUNC_F, out_file_id, error)
! Create the dataspace.
CALL h5screate_simple_f(rank, dims, dspace_id, error)
! Create the dataset with default properties.
CALL h5dcreate_f(out_file_id, dsetname, H5T_NATIVE_REAL, dspace_id, &
dset_id, error)
! Write the dataset.
CALL h5dwrite_f(dset_id, H5T_NATIVE_REAL, buff_r, dims, error)
! End access to the dataset and release resources used by it.
CALL h5dclose_f(dset_id, error)
! Terminate access to the data space.
CALL h5sclose_f(dspace_id, error)
! Close the file.
CALL h5fclose_f(out_file_id, error)
! Close FORTRAN interface.
CALL h5close_f(error)
deallocate(buff_r)
END PROGRAM H5_RDWT
为了说明发生了什么，我使用下面的脚本生成一个简单的数据文件：
program main
!-------- initialize variables -------------
character(8) :: fname
integer, parameter:: n = 32
real*8, dimension(n,n,2*n) :: re
integer i,j,k, recl
Inquire(iolength = recl) re
!------ fill in the array with sample data ----
do k = 1, 2*n
do j = 1, n
do i = 1, n
re(i,j,k) = 1.0
end do
end do
end do
!------ write in data in a file -----------
write(fname, "(A)") "data.dat"
open (10, file=fname, form='unformatted', access='direct', recl=recl)
write(10,rec=1) re
close(10)
stop
end program main
我复制伊恩·布什粘贴的程序，改变x的值， ny和nz分别为32,32和64。我希望生成的h5文件有尺寸（32,32,64）。但它是（64,32,32）。这里是正在发生的事情在我的机器：
[[email protected]]$gfortran generate_data.f90
[[email protected]]$./a.out
[[email protected]]$ls -l data.dat
-rw-r--r-- 1 pradeep staff 524288 Mar 12 14:04 data.dat
[[email protected]]$h5fc convert_to_h5.f90
[[email protected]]$./a.out
[[email protected]]$ls -l out.h5
-rw-r--r-- 1 pradeep staff 526432 Mar 12 14:05 out.h5
[[email protected]]$h5dump -H out.h5
HDF5 "out.h5" {
GROUP "/" {
DATASET "data" {
DATATYPE H5T_IEEE_F64LE
DATASPACE SIMPLE { (64, 32, 32)/(64, 32, 32) }
}
}
}
请与我确认，如果你看到了同样的事情。
感谢您指出的错误。感谢recl评论。该程序正常工作。但它给了我一个转置矩阵。例如，如果使用fortran我写一个大小为（256,128,256）的3D数组，当我检查输出文件的数组维数时，它是（128,256,256）。要检查输出H5文件的尺寸，我用“h5dump -H out.h5” – jhaprade 2013-03-11 11:37:27
这是从我一个人的HDF5支持组联系了回应：http://www.hdfgroup.org/HDF5/doc/ UG/UG_frame12Dataspaces.html，部分：7.3.2.5。 C与Fortran数据空间。但我不知道如何正确地实现它读取fortran二进制文件并重写它在h5格式 – jhaprade 2013-03-11 11:41:23
好的，我完全困惑。我输出的h5dump -H out.h5给出了DATASPACE SIMPLE {（256,128,256）/（256,128,256）}，类似于我的“答案”中的ncdump报告。我看不出你是怎么得到的（128,256,256）！ – 2013-03-11 12:02:02