在ubuntu下运行R在php下

Question

我有一个R脚本运行得很好，当我从命令行运行它并将映像保存到文件系统时。但是，当我运行它从PHP脚本使用以下命令：

exec("cat my_rscript.R | /usr/bin/R --vanilla"); 

它不运行。请注意，当我在命令行中运行它时，我正在使用完全相同的调用。我很确定我在正确的目录中（php文件和R脚本位于相同的目录中）。可能是因为我无法从php运行R脚本？我认为这与我运行R-64位和php的事实只有32位有关，但我不确定这是否是问题所在。

Answer 1

我建议以下步骤来调试，这一切通过命令外壳，从PHP：

1. 获取的which R输出（确保它的路径）（例如which R > where_is_r.txt
2. 获取shell开始执行的位置，即R被调用的路径（应该是“where_is_r.txt”文件的位置）
3. 创建一个简单的helloworld.r（例如写入正态分布随机值到文本文件），并执行Rscript --vanilla /path/to/helloworld.r
4. 替换helloworld.r与你的脚本，并执行Rscript --vanilla /path/to/my_script.R

如果这些不露哪里出了问题，你可能需要保存错误输出（STDERR）和输出（stdout）。这可以在R内完成，但最好通过bash来完成。有关如何执行此重定向的指南，请参阅this page。

此外，通常最好使用完全指定的路径，而不是依赖于在特定目录中调用的shell。完整的规范可以是绝对路径或相对路径，但相对路径和符号链接比绝对路径更难调试。