执行，如果对R中

Question

我读一个CSV文件为R的每一行语句如下：

3,3 
3,2 
3,3 
3,3 
3,3 
3,3 
2,3 
1,2 
2,2 
3,3 

我想一个编号分配给各9种独特的可能性，我的数据是（3和3是9,3和2是8,2和3是6等）。我一直试图设计一个嵌套的if语句来评估每一行，在第三列中分配一个数字，并为数据集中的每一行执行此操作。我相信这可以通过apply函数完成，但是我无法在if函数中使用if语句。两列都有可能值1,2或3。这是我的代码迄今，只是想分配一个9至3/3列和0到一切：

#RScript for haplotype analysis 

#remove(list=ls()) 
options(stringsAsFactors=FALSE) 
setwd("C:/Documents and Settings/ColumbiaPC/Desktop") 

#read in comma-delimited, ID-matched genotype data 
OXT <- read.csv("OXTRhaplotype.csv") 
colnames(OXT)<- c("OXT1","OXT2") 

OXT$HAP <- apply(OXT, 1, function(x) if(x[1]=="3"&&x[2]=="3")x[3]=="9" else 0)) 

感谢您的任何提前帮助。

Answer 1

你能解决你的描述使用矩阵和标准的R子集的问题，没有任何if陈述

m <- matrix(1:9, nrow=3, byrow=TRUE) 
m 

    [,1] [,2] [,3] 
[1,] 1 2 3 
[2,] 4 5 6 
[3,] 7 8 9 

这可以利用矩阵子集索引m表示：

m[3, 2] 
[1] 8 

m[3,3] 
[1] 9 

m[2,3] 
[1] 6 

现在你可以将此到您的数据：

df <- structure(list(V1 = c(3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 1L, 2L, 3L), 
     V2 = c(3L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 3L)), .Names = c("V1", 
     "V2"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -10L)) 

#df$m <- sapply(seq_len(nrow(df)), function(i)m[df$V1[i], df$V2[i]]) 
df$m <- m[as.matrix(df)] # Use matrix subsetting, suggested by @Aaron 
df 

    V1 V2 m 
1 3 3 9 
2 3 2 8 
3 3 3 9 
4 3 3 9 
5 3 3 9 
6 3 3 9 
7 2 3 6 
8 1 2 2 
9 2 2 5 
10 3 3 9 

Answer 2

不幸的是，我来了晚，类似于@ Andrie的一个解决方案，如：

dat <- matrix(c(3,3,3,2,3,3,3,3,3,3,3,3,2,3,1,2,2,2,3,3), 
       nr=10, byrow=TRUE) 
# here is our lookup table for genotypes 
pat <- matrix(1:9, nr=3, byrow=T, dimnames=list(1:3,1:3)) 

然后

> pat[dat] 
[1] 9 8 9 9 9 9 6 2 5 9 

给你想要的东西。

但是，我想说的是，你可能会发现更容易使用专用包遗传研究，像CRAN发现一个（像genetics，gap或SNPassoc，仅举几例）或Bioconductor，因为它们包括设施用于转化/重新编码基因型数据并使用单体型。

这里是什么，我心里有上述言论的例子：

> library(genetics) 
> geno1 <- as.genotype.allele.count(dat[,1]-1) 
> geno2 <- as.genotype.allele.count(dat[,2]-1) 
> table(geno1, geno2) 
    geno2 
geno1 A/A A/B 
    A/A 6 1 
    A/B 1 1 
    B/B 0 1 

Answer 3

Andrie的已经通过展示你的问题的一个更好的办法回答你的问题。但是我想提一下你原来的代码中有一些错误。

首先，&与&&不一样。有关更多信息，请参见?'&'。我相信你想在你的例子中使用&。

其次，==用于测试相等性，您在示例中最初正确使用它。它不用于分配，当您将“9”分配给x[3]时，您不正确地使用它。分配由<-处理，无论是内部函数还是外部函数。有关更多信息，请参阅?'=='和?'<-'。

第三，在apply()函数内为x[3]赋值并不合理。 apply()只是返回一个数组。它不会修改OXT对象。以下是您的原始方法的外观示例。但是，安德里的方法可能对你更好。

OXT <- read.table(textConnection(
    "3 3 
    3 2 
    3 3 
    3 3 
    3 3 
    3 3 
    2 3 
    1 2 
    2 2 
    3 3")) 
colnames(OXT)<- c("OXT1","OXT2") 

OXT$HAP <- apply(OXT, 1, function(x) 
    { 
     if(x[1] == 3 & x[2] == 3) result <- 9 
     else if(x[1] == 3 & x[2] == 2) result <- 8 
     else if(x[1] == 3 & x[2] == 1) result <- 7 
     else result <- 0 
     return(result) 
    }) 

Answer 4

另一种方法是将两列粘贴在一起并制作一个因子。

df <- structure(list(V1 = c(3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 1L, 2L, 3L), 
     V2 = c(3L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 3L)), .Names = c("V1", 
     "V2"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -10L)) 

df$hap <- factor(paste(df$V1, df$V2, sep="")) 

或等价，

df$hap2 <- factor(apply(df[1:2], 1, paste, collapse=""))